Des fantômes génétiques suggèrent que la pandémie a commencé sur le marché

Une équipe de scientifiques affirme qu’il ne fait « aucun doute raisonnable » que la pandémie de Covid a commencé avec des animaux infectés vendus sur un marché, plutôt qu’avec une fuite de laboratoire.

Ils analysaient des centaines d’échantillons collectés à Wuhan, en Chine, en janvier 2020.

Les résultats identifient une liste restreinte d’animaux – dont les chiens viverrins, les civettes et les rats de bambou – comme sources potentielles de la pandémie.

Même si l’étude met en évidence qu’un seul étal de marché est un foyer à la fois d’animaux et de coronavirus, elle ne peut pas fournir de preuve définitive.

Les échantillons ont été collectés par les autorités chinoises aux premiers stades de la pandémie de Covid-19 et constituent l’une des sources d’information les plus précieuses sur le plan scientifique sur les origines de la pandémie.

Un lien précoce avec le marché de gros des fruits de mer de Huanan a été établi lorsque des patients sont apparus dans les hôpitaux de Wuhan avec une mystérieuse pneumonie.

Le marché a été fermé et les équipes ont effectué des contrôles sur les différents lieux, notamment les étals, l’intérieur des cages des animaux et le matériel utilisé pour retirer la fourrure et les plumes des animaux abattus.

Leur analyse a été publié l’année dernière et les données brutes mises à disposition d’autres scientifiques. Aujourd’hui, une équipe aux États-Unis et en France affirme avoir effectué des analyses génétiques encore plus avancées pour approfondir le sujet des premiers jours du Covid.

Il s’agissait d’analyser des millions de courts fragments de code génétique – à la fois d’ADN et d’ARN – pour déterminer quels animaux et quels virus étaient présents sur le marché en janvier 2020.

« Nous voyons les fantômes d’ADN et d’ARN de ces animaux dans les échantillons environnementaux, et certains se trouvent dans des stalles où [the Covid virus] « On a également constaté qu’il n’y avait pas de contamination », explique le Pr Florence Débarre, du CNRS.

Les résultats, publié dans la revue Cell, mettent en évidence une série de conclusions qui, réunies, étayent leur thèse.

Il montre que le virus Covid et des animaux sensibles ont été détectés au même endroit, certains prélèvements individuels collectant à la fois le code génétique de l’animal et du coronavirus. Ce chiffre n’est pas réparti de manière uniforme sur le marché et indique des points chauds très spécifiques.

« Nous trouvons une histoire très cohérente dans ce sens, pointant – même au niveau d’un seul stand – vers le marché comme étant l’origine très probable de cette pandémie particulière », explique le professeur Kristian Andersen, du Scripps Institute aux États-Unis.

Cependant, le fait d’être au même endroit au même moment ne prouve pas que des animaux ont été infectés.

L’animal qui est apparu le plus fréquemment dans les échantillons était le chien viverrin. Des expériences ont montré que cet animal pouvait à la fois attraper et transmettre le Covid.

D’autres animaux ont été identifiés comme une source potentielle de la pandémie, notamment la civette palmiste masquée, également associée à l’épidémie de SRAS en 2003, ainsi que les rats de bambou et les porcs-épics de Malaisie. Aucune expérience n’a été réalisée pour déterminer si ces animaux peuvent propager le virus.

La profondeur de l’analyse génétique a permis d’identifier les types spécifiques de chiens viverrins vendus. Il s’agissait de chiens que l’on trouve plus communément à l’état sauvage dans le sud de la Chine plutôt que de chiens élevés pour leur fourrure. Cela donne aux scientifiques des indices sur les prochaines étapes à suivre.

Les chercheurs ont également analysé le code génétique des échantillons viraux trouvés sur le marché et les ont comparés à ceux des patients des premiers jours de la pandémie. L’observation de la diversité des mutations dans les échantillons viraux fournit également des indices.

Les échantillons suggèrent, mais ne prouvent pas, que le Covid a commencé plus d’une fois sur le marché avec potentiellement deux événements de propagation des animaux aux humains. Les chercheurs affirment que cela étaye l’idée que le marché est à l’origine de la maladie, plutôt que la pandémie a commencé ailleurs, le marché ajoutant de l’huile sur le feu lors d’un événement de superpropagation.

Les scientifiques ont également utilisé les mutations pour construire l’arbre généalogique du virus et scruter son passé.

« Si nous estimons quand nous pensons que la pandémie a probablement commencé par rapport à quand nous pensons que l’épidémie sur le marché a probablement commencé, ces deux éléments se chevauchent, ils sont identiques », explique le professeur Andersen.

Dans leur publication scientifique, toute la diversité génétique du coronavirus observée au début de la pandémie a été retrouvée sur le marché.

Le professeur Michael Worobey, de l’Université d’Arizona, a déclaré : « Plutôt que d’être une petite branche sur ce grand arbre évolutif touffu, les séquences du marché s’étendent sur toutes les branches de l’arbre, d’une manière qui est cohérente avec la diversité génétique qui commence réellement au niveau du marché. »

Il a déclaré que cette étude, combinée à d’autres données – telles que les premiers cas et les hospitalisations liés au marché – indiquaient toutes une origine animale du Covid.

Le professeur Worobey a déclaré : « Il ne fait aucun doute raisonnable que c’est ainsi que les choses se sont déroulées », et que d’autres explications des données nécessitaient « des scénarios absurdes et vraiment fantaisistes ».

« Je pense que jusqu’à présent, on n’a pas suffisamment pris conscience de la solidité des preuves. »

La théorie de la fuite en laboratoire soutient que le virus ne proviendrait pas de la faune sauvage, mais de l’Institut de virologie de Wuhan (WIV), qui étudie depuis longtemps les coronavirus.

Il se trouve à 40 minutes en voiture du marché. Les services de renseignement américains ont été chargés d’évaluer la probabilité d’une fuite, qu’elle soit accidentelle ou délibérée.

En juin 2023, toutes les agences impliquées ont déclaré qu’une fuite ou une origine animale étaient des scénarios plausibles.

Le Conseil national du renseignement et quatre autres agences ont déclaré que les animaux étaient probablement à l’origine du décès. Le FBI et le ministère de l’Énergie ont plutôt estimé qu’il s’agissait d’un incident survenu en laboratoire.

Le professeur Andersen a déclaré : « Pour beaucoup, cela semble être le scénario le plus probable : « le laboratoire est juste là, bien sûr que c’était le laboratoire, êtes-vous stupide ? ». Je comprends parfaitement cet argument. »

Cependant, il affirme qu’il existe désormais de nombreuses données qui « indiquent réellement que le marché est le véritable épicentre précoce » et « même des emplacements au sein de ce marché ».

L’identification des animaux qui auraient pu être à l’origine de la pandémie fournit des indices sur les endroits où les scientifiques pourraient chercher d’autres preuves d’une origine animale.

Cependant, comme les fermes ont détruit leurs animaux au début de la pandémie de Covid, il se peut qu’il n’y ait plus aucune preuve à trouver.

« Nous avons probablement laissé passer notre chance », déclare le professeur Worobey.

La professeure Alice Hughes, de l’Université de Hong Kong, qui n’a pas participé à l’analyse, a déclaré qu’il s’agissait d’une « bonne étude ».

«[But] « Sans prélèvements effectués sur les animaux réels présents sur le marché, qui n’ont pas été collectés, nous ne pouvons pas obtenir une plus grande certitude. »

Le professeur James Wood, codirecteur de Cambridge Infectious Diseases, a déclaré que l’étude apportait « des preuves très solides » que la pandémie avait commencé dans les étals d’animaux sauvages du marché. Il a cependant précisé que cela ne pouvait pas être définitif car les échantillons avaient été prélevés après la fermeture du marché et la pandémie avait probablement commencé des semaines plus tôt.

Il a également averti que « peu ou rien » n’était fait pour limiter le commerce d’animaux sauvages vivants et que « la transmission incontrôlée d’infections animales constituait un risque majeur de futures pandémies ».