Tout ce que vous devez savoir sur la nouvelle variante du Covid XEC

Richard Orton et Wilhelm Furnon pour « The Conversation »

Un nouveau variant de la COVID-19 se propage rapidement et pourrait bientôt devenir le variant dominant dans le monde. Ce variant, appelé XEC, a été détecté pour la première fois en Allemagne en août et semble avoir un avantage de croissance par rapport aux autres variants en circulation, mais il ne s’agit pas d’un variant radicalement différent.

Le XEC est ce que l’on appelle un « variant recombinant ». Les recombinants peuvent se produire naturellement lorsqu’une personne est infectée simultanément par deux variants différents du Covid.

Le XEC est le produit d’une recombinaison (échange de morceaux de matériel génétique entre deux variants) entre le variant KS.1.1 et le variant KP.3.3. Ces deux variants parentaux sont étroitement liés, ayant tous deux évolué à partir de JN.1, qui était le variant dominant dans le monde au début de 2024.

Le XEC a été signalé pour la première fois début août 2024 en Allemagne et dans quelques autres pays européens, mais a depuis continué à se propager, avec plus de 600 cas identifiés dans 27 pays d’Europe, d’Amérique du Nord et d’Asie.

Les scientifiques identifient les cas de XEC à l’aide d’une base de données publique appelée Gisaid, dans laquelle les séquences génétiques des virus sont téléchargées pour analyse. C’est là que sont repérées les mutations du SARS-CoV-2 (le SARS-CoV-2 étant le virus responsable de la COVID).

Mais c’est un peu comme un ivrogne qui cherche ses clés perdues sous un lampadaire, parce que c’est là que la lumière est la plus forte. En d’autres termes, on détecte davantage de cas de nouveaux variants dans les pays qui séquencent généralement davantage d’échantillons de COVID dans le cadre de programmes de surveillance de routine.

Les pays comptant le plus grand nombre de cas de XEC identifiés au 18 septembre sont les États-Unis (118), l’Allemagne (92), le Royaume-Uni (82), le Canada (77) et le Danemark (61). Bien entendu, ces chiffres pourraient être plus élevés dans les pays qui ne séquencent pas systématiquement les échantillons de COVID.

Actuellement, la variante dominante en Europe et en Amérique du Nord est la KP.3.1.1, tandis que la variante étroitement apparentée KP.3.3 domine en Asie.

Le XEC est un variant minoritaire et sa prévalence est la plus élevée en Allemagne, où environ 13 % des séquences sont potentiellement du XEC. Au Royaume-Uni, la prévalence est d’environ 7 %, tandis qu’aux États-Unis, elle est inférieure à 5 %. Cependant, le XEC semble avoir un avantage en termes de croissance et se propage plus rapidement que les autres variants en circulation, ce qui suggère qu’il deviendra le variant dominant à l’échelle mondiale dans les prochains mois.

Le XEC possède un matériel génétique très similaire à ses deux variantes parentales ainsi qu’à d’autres variantes en circulation, qui sont principalement dérivées de JN.1.

L’avantage du XEC pourrait être dû à la mutation relativement rare T22N (héritée de KS.1.1) associée à la mutation Q493E (de KP.3.3) de la protéine Spike. La protéine Spike est une partie essentielle du virus qui se lie aux cellules humaines, permettant au virus d’y pénétrer et de commencer à se répliquer. Cependant, on sait peu de choses sur les effets de la mutation T22N sur la capacité du virus à se répliquer ou à se propager entre les personnes.

Mais est-ce que ce variant provoque une maladie plus grave ? Nous ne disposons pas encore de données issues de patients ou d’expériences en laboratoire pour savoir quel type de maladie le XEC est susceptible de provoquer – même si ces données sont attendues prochainement. Cependant, ce nouveau variant sera probablement similaire aux autres variants de la COVID-19 en termes de maladie provoquée, compte tenu de ses informations génétiques similaires. Il faut donc s’attendre à des symptômes tels qu’une forte fièvre, des maux de gorge accompagnés de toux, des maux de tête et des courbatures ainsi qu’une fatigue.

Les hospitalisations augmentent généralement en hiver en raison des températures plus froides et de la propagation accrue des virus (en raison du fait que les gens restent plus longtemps à l’intérieur). Ces augmentations, lorsqu’elles surviennent, ne doivent donc pas nécessairement être associées au nouveau variant.

La campagne de rappel d’automne au Royaume-Uni débutera en octobre avec un vaccin mis à jour ciblant la variante JN.1, dont dérive XEC, assurant un bon niveau de protection contre les maladies graves.

Le XEC est le dernier d’une longue liste de variants passés et actuels de la COVID-19 qui sont surveillés à mesure que le virus évolue naturellement. Les variants recombinants en eux-mêmes ne sont pas une nouveauté, car les cas de COVID en 2023 ont été dominés par le variant recombinant XBB.

Plusieurs autres variants étroitement liés sont surveillés, comme le variant MV.1, qui, comme le XEC, présente également la mutation T22N de la protéine Spike. Le MV.1 a été signalé pour la première fois en Inde fin juin et s’est rapidement propagé dans d’autres pays, ce qui en fait un variant à surveiller à l’avenir.

Le XEC pourrait bien devenir la variante mondiale dominante, mais il pourrait être surpassé avant cela ou remplacé rapidement par une variante différente mais étroitement liée.

(Richard Orton est chercheur associé en bioinformatique à l’Université de Glasgow et Wilhelm Furnon est chercheur associé postdoctoral en virologie à l’Université de Glasgow)

Avertissement : Les opinions exprimées ci-dessus sont celles de l’auteur. Elles ne reflètent pas nécessairement celles de DH.