L’épidémie de grippe aviaire H5N1 chez les vaches est probablement répandue, selon des analyses de lait

UNAndrew Bowman, épidémiologiste vétérinaire à l’Ohio State University, a eu une intuition. Il avait été frappé par les énormes quantités de virus H5N1 qu’il avait vues dans le lait de vaches infectées par la grippe aviaire et pensait qu’au moins une partie du virus sortait des fermes et se dirigeait en aval vers les étagères des magasins.

Il savait que la Food and Drug Administration travaillait sur sa propre enquête nationale sur l’approvisionnement en lait. Mais il était impatient. Alors lui et un étudiant diplômé ont fait un road trip : ils ont collecté 150 produits laitiers commerciaux dans tout le Midwest, représentant des usines de transformation laitière dans 10 États différents, y compris certains où des troupeaux ont été testés positifs pour le H5N1. Les tests génétiques ont révélé la présence d’ARN viral dans 58 échantillons, a-t-il déclaré à STAT.

Les chercheurs s’attendent à ce que des études de laboratoire supplémentaires en cours montrent que ces échantillons ne contiennent pas de virus vivants capables de provoquer des infections chez l’homme, ce qui signifie que le risque du lait pasteurisé pour la santé des consommateurs est encore très faible. Mais la prévalence du matériel génétique viral dans les produits échantillonnés suggère que l’épidémie de H5N1 est probablement beaucoup plus répandue chez les vaches laitières que ne l’indiquent les chiffres officiels. Jusqu’à présent, le ministère américain de l’Agriculture a signalé que 33 troupeaux répartis dans huit États avaient été testés positifs au H5N1.

« Le fait que vous puissiez aller dans un supermarché et que 30 à 40 % de ces échantillons soient positifs, cela suggère qu’il y a plus de virus dans les environs qu’on ne le reconnaît actuellement », a déclaré Richard Webby, virologue de la grippe qui a analysé les échantillons. au St. Jude’s Children’s Research Hospital de Memphis, Tennessee, où il dirige le Centre collaborateur de l’OMS pour les études sur l’écologie de la grippe chez les animaux.

Plus tôt cette semaine, la FDA a annoncé que ses efforts avaient trouvé des preuves de la présence du virus H5N1 dans des échantillons de lait achetés dans les rayons des magasins, mais elle n’a fourni aucun résultat détaillé. Jeudi, lors d’un symposium en ligne organisé par l’Association des responsables de la santé des États et territoires, la FDA a divulgué un résultat de haut niveau de l’enquête de l’agence. Les résultats rendus jeudi matin ont montré du lait PCR positif dans 20 % des échantillons, « peut-être avec une certaine prépondérance dans les zones où se trouvent des troupeaux connus », a déclaré Donald Prater, directeur par intérim du Center for Food Safety and Applied Nutrition de la FDA. Il n’a pas précisé combien d’échantillons la FDA avait analysés ni dans quelle zone géographique.

Les tests par PCR – réaction en chaîne par polymérase – n’ont révélé que des traces génétiques du virus, et non la preuve qu’il est vivant ou infectieux. La FDA a insisté sur le fait que le H5N1, qui est sensible à la chaleur, est très probablement tué par le processus de pasteurisation.

L’agence évalue toujours la viabilité virale de ces échantillons en tentant de cultiver le virus à partir de lait contenant de l’ARN du H5N1. La FDA prévoit de publier les résultats de ces études dans les prochains jours. Mercredi, Jeanne Marrazzo, la nouvelle directrice de l’Institut national des allergies et des maladies infectieuses, a déclaré aux journalistes qu’une équipe de chercheurs financés par le NIAID disposait de premières données suggérant que la pasteurisation semblait efficace.

L’équipe qui a produit ces données – les groupes St. Jude et OSU – a déclaré à STAT qu’elle avait jusqu’à présent analysé quatre échantillons de lait acheté en magasin qui avaient été testés positifs par PCR pour le matériel génétique H5N1. « Nous avons effectué des tests de croissance virale pour voir si nous pouvons en récupérer un virus et nous ne pouvons pas », a déclaré Webby.

Ces quatre échantillons provenaient d’une collection initiale de 22 produits laitiers commerciaux achetés dans la région de Columbus, Ohio. «En gros, c’était simplement moi qui visitais les cinq épiceries entre le campus et ma maison», a déclaré Bowman.

Les tests PCR à l’OSU ont révélé que trois de ces 22 produits étaient positifs à l’ARN viral. Bowman les a envoyés à Webby pour les injecter dans des plaques de cellules de mammifères et d’œufs de poule embryonnés et rechercher tout signe de réplication virale active. Pour ce faire, Webby avait besoin d’un contrôle négatif, alors il est allé acheter du lait dans un magasin près de son laboratoire à Memphis. Mais les tests PCR ont également trouvé de l’ARN H5N1 dans cet échantillon, le rendant inutile comme contrôle négatif, mais comme un point de données supplémentaire montrant l’absence de virus vivant.

Cet échantillon est toujours dans le réfrigérateur de Webby à la maison. Il l’a utilisé pour préparer le dîner plus tôt cette semaine. « Tout cela ne m’inquiète pas », a-t-il déclaré.

Bien que le risque d’infection par les produits laitiers soit très faible, l’inquiétude est que plus le H5N1 se propage chez les vaches, plus le virus a de possibilités de s’adapter pour se transmettre efficacement chez les hôtes mammifères. Cela augmente également les chances que le H5N1 puisse pénétrer dans les porcs, où il pourrait échanger des gènes et former des hybrides avec d’autres virus de la grippe. Les virus qui mutent pour pouvoir se propager facilement à travers une espèce de mammifère pourraient avoir plus de facilité à infecter les humains.

Le groupe St. Jude répète maintenant ses analyses avec les échantillons supplémentaires que Bowman et son étudiant diplômé ont achetés dans le Midwest. Leurs premières découvertes fournissent une preuve supplémentaire que le H5N1 se propage largement parmi les vaches laitières aux États-Unis.

Cette semaine, des chercheurs examinant les séquences du génome viral publiées dimanche par l’USDA ont découvert que l’épidémie durait probablement depuis des mois de plus qu’on ne le pensait auparavant. « Ces deux données – les données sur le lait et les données génétiques qui montrent que cela existe depuis décembre de l’année dernière – suggèrent que l’épidémie est probablement beaucoup plus importante que nous le pensons », a déclaré Angie Rasmussen, virologue qui étudie les pathogènes zoonotiques émergents à l’Organisation des vaccins et des maladies infectieuses de l’Université de la Saskatchewan au Canada.

Cela peut également indiquer que les troupeaux peuvent être contagieux avec seulement des symptômes légers ou aucun symptôme, ce qui compliquerait la réponse et rendrait le confinement beaucoup plus difficile.

« Cela nous indique que nous constatons probablement déjà que le lait de vaches infectées asymptomatiquement contient du virus », a déclaré Andrew Pekosz, un microbiologiste moléculaire qui étudie les virus respiratoires à l’école de santé publique Johns Hopkins Bloomberg.

Jusqu’à présent, il n’y a eu que un rapport d’infections à H5N1 dans un troupeau de bovins ne présentant aucun symptôme – en Caroline du Nord. Mais les responsables de l’USDA n’ont pas divulgué d’autres détails, mis à part le fait que le lait provenant de vaches infectées mais asymptomatiques semble inchangé.

Chez les vaches infectées par le H5N1, la première chose qui se produit est que leur appétit disparaît et que leur activité diminue. Ensuite, leur production de lait se tarit. Chez certains animaux, le lait qu’ils produisent devient jaune et épais. « C’est une chose étrange qui semble être propre à ce virus particulier », a déclaré Keith Poulsen, directeur du laboratoire de diagnostic vétérinaire du Wisconsin. Et c’est l’un des principaux signaux d’alarme que les producteurs laitiers sont censés surveiller lorsqu’ils décident de tester ou non leurs troupeaux. Si le lait de vaches asymptomatiques ou présymptomatiques semble normal mais peut être porteur du virus, cela masquerait la nécessité de tests.

Pour vraiment comprendre l’ampleur de la propagation ainsi que les mécanismes possibles de transmission virale, il est nécessaire de procéder à des tests généralisés sur des animaux présentant et sans symptômes, a déclaré Jennifer Nuzzo, épidémiologiste et directrice du Pandemic Center de l’Université Brown. « Si nous testons uniquement les vaches présentant des symptômes extérieurs, nous passons à côté d’infections chez celles qui n’en présentent pas. »

Jusqu’à cette semaine, la politique de l’USDA n’exigeait aucun test sur les animaux et le recommandait uniquement pour les vaches laitières de plus de 3 ans qui allaitaient depuis au moins 150 jours et qui présentaient des symptômes cliniques graves comme de la fièvre, de la léthargie, un lait anormal. production et selles molles.

Mercredi, l’agence a publié une ordonnance fédérale exigeant qu’un animal soit testé négatif pour le virus avant de pouvoir être transporté à travers les frontières des États. Il exige également que les laboratoires et les vétérinaires d’État signalent à l’USDA tout animal testé positif au H5N1 ou à tout autre virus grippal A. Mais en dehors des voyages interétatiques, les tests restent volontaires et encouragés uniquement pour les animaux visiblement malades.

Des experts en santé publique ont déclaré à STAT que des critères de test aussi étroits faussent probablement la véritable étendue de l’épidémie. « Je n’ai vu aucune preuve qui me donne envie d’écarter la crainte que les pratiques de test façonnent absolument ce que nous pensons savoir sur ce virus », a déclaré Nuzzo. « Nous n’avons tout simplement pas les bonnes données pour le moment pour nous dire ce qui se passe. »

La situation rappelle, dit-elle, la pandémie de Covid-19. Au cours des premières semaines de cette épidémie, les politiques de dépistage étaient étroites : limitées aux personnes symptomatiques ayant voyagé en Chine. Pendant ce temps, le virus SARS-CoV-2 se propageait sans être détecté à travers les États-Unis, comme le montreront plus tard les analyses génomiques. Plus tard, lorsque les tests à domicile sont devenus largement disponibles, les décomptes officiels sont devenus peu fiables, laissant les services de santé des États et locaux dans le noir.

« Au moins avec Covid, la surveillance des eaux usées a fini par intervenir pour compléter notre tableau », a déclaré Nuzzo. « Avec le H5N1, nous n’avons pas cela. »

Mercredi, les Centers for Disease Control and Prevention ont déclaré qu’ils étudiaient la possibilité de tester les eaux usées pour détecter le H5N1, mais ont souligné des obstacles importants, notamment le fait que les fermes ne soient pas reliées aux systèmes d’égouts municipaux et la possibilité que des oiseaux sauvages infectés perturbent les tests de l’eau autour des fermes.

Exiger des fermes laitières qu’elles testent régulièrement tous leurs animaux, y compris ceux asymptomatiques, n’est pas réalisable sur le plan logistique étant donné la capacité actuelle des laboratoires de diagnostic vétérinaire de l’État, a déclaré Poulsen. Lui et d’autres directeurs de laboratoire se préparent déjà à l’accélération massive des tests qu’ils prévoient de commencer lorsque l’ordonnance de l’USDA entrera en vigueur lundi. Mais il pense que davantage doit être fait au niveau fédéral pour encourager les agriculteurs à tester leurs troupeaux.

« À ce stade, les exploitations agricoles ne proposent tout simplement pas d’échantillons parce qu’elles ne sont pas incitées à lever la main », a déclaré Poulsen. Ce manque d’information rend beaucoup plus difficile pour les épidémiologistes de retracer le virus et de comprendre comment il se propage, dont les mécanismes exacts restent encore flous.

« Nous devons faire ce que nous pouvons maintenant pour le comprendre et le contenir afin qu’il ne se transforme pas en un agent pathogène potentiellement pandémique », a déclaré Poulsen. « C’est un risque réel si nous continuons à l’ignorer. »