Tous les regards sont tournés vers XEC : pourquoi les détectives du COVID prêtent attention à cette variante

Arrêtez-moi si vous avez déjà entendu celui-ci. Une nouvelle variante du SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, surgit soudainement comme un cheval hors de la porte, laissant derrière elle le reste de la course. Cette fois, il s’agit d’une variante appelée XEC (« Zek »), qui est une recombinante — le résultat de l’union de deux variantes.

« Nous avons contrôlé [the virus] un peu au début, mais ensuite laissez-le se déchirer, et une fois que vous avez une propagation incontrôlée, il mute. Et aussi ça se recombine, comme quand quelqu’un a [been] infecté par deux choses différentes, comme dans ce cas KS.1.1 et KP.3.3 recombinés pour former cette variante XEC », a expliqué le Dr Raj Rajnarayanan, professeur agrégé et doyen adjoint du New York Institute of Technology, dans une interview avec Salon.

Rajnarayanan, un biologiste informatique, a étudié la réutilisation d’anciens médicaments pour le traitement des virus depuis l’épidémie initiale de SRAS de 2002 à 2004, et il suit de près l’essor du XEC, qui a récemment été ajouté aux Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis. (CDC) traqueur de variantes. À la fin du mois dernier, XEC représentait une part estimée à 4,7 % du nombre total de variantes. à l’échelle mondiale (et 6% aux États-Unisavec une large marge d’incertitude), mais contrairement au KP.3.1.1, qui détient toujours une part de 36,9% (58,7 aux États-Unis), XEC est en plein essor, et rapidement.

« Il pourrait commencer à devenir la lignée la plus en circulation », a déclaré Rajnaranayam, prédisant que XEC prendra le reste du mois d’octobre et début novembre pour supplanter progressivement le KP.3.1.1 aux États-Unis, devenant ainsi la lignée dominante au cours de la saison d’hiver 2024/25.

Rajnarayanan ne pense pas que nous devions nous inquiéter du XEC dans le sens où il représente une forme substantiellement nouvelle du SRAS-CoV-2, comme lorsque le premier Omicron est apparu sur la scène avec de nouveaux symptômes et un grand nombre de nouveaux cas, engendrant un tout nouveau phénomène. nouvelle branche sur l’arbre évolutif du virus. Jerome Adams, qui était chirurgien général sous l’administration Trump et pendant ces terribles premiers jours de la pandémie, considère la vaccination comme faisant partie d’une routine qui, si elle est maintenue, peut protéger beaucoup d’entre nous des hospitalisations et des décès que le COVID continue de provoquer, indépendamment de la situation. la variante. Et cela peut protéger contre les dangers de plus en plus appréciés du long COVID, dans lequel les symptômes de la maladie persistent pendant des mois, voire des années.

« Nous avons vécu cela littéralement des dizaines de fois depuis 2020″, a déclaré Adams à Salon dans une interview vidéo. « Il va continuer à y avoir différentes variantes. Parfois, ils seront plus transmissibles, parfois ils seront moins transmissibles, parfois ils causeront davantage [severe] maladie, parfois elles seront moins graves. Et nous devons nous assurer que nous exploitons les outils dont nous disposons pour pouvoir vivre avec le virus, en nous masquant lorsque cela a du sens, en particulier au milieu d’une poussée, en effectuant des tests. »

Adams a dit qu’il est très important que les gens comprennent qu’ils peut commander quatre tests COVID gratuits à domicileinsistant sur la nécessité de se faire soigner si votre test est positif.

« Les vaccins et la ventilation sont les principaux outils auxquels je veux que les gens réfléchissent vraiment », a déclaré Adams. « Et les nouveaux vaccins disponibles, les vaccins récemment commercialisés par Moderna, Pfizer et Novavax. »

Adams dit que le très faible taux de vaccination récent constitue une grande préoccupation. Les vaccins, qui offrent une certaine protection à court terme contre la transmission, sont bien plus importants dans leur capacité à réduire la gravité de la COVID aiguë et l’incidence de la COVID longue. Et en fait, en tant que recombiné — ce qui probablement évolué chez une personne immunodéprimée infectée depuis très longtemps par les deux variants parents – XEC est une variation sur un thème récent pour lequel les derniers vaccins se révèlent assez bien adaptés.

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« Nous avons comparé les personnes qui ont reçu le vaccin mis à jour l’année dernière à celles qui ne l’ont pas reçu, [and] nous avons constaté qu’il y avait une diminution de plus de 60 pour cent, voire de près de 70 pour cent, des hospitalisations et des décès chez les personnes ayant reçu le vaccin mis à jour l’année dernière », a déclaré Adams. « Il existe également de plus en plus de données qui montrent que vous pouvez réduire vos risques de COVID long jusqu’à 70 % si vous disposez d’un vaccin mis à jour. Vous disposez donc de quelque chose qui peut vraiment aider à protéger les gens contre des problèmes aigus et à long terme, mais nous avons une très faible adoption, et je pense que c’est parce que, encore une fois, nous continuons à subir ces poussées, et c’est devenu gentil. de bruit de fond pour beaucoup de gens.

Adams note que de très nombreux Américains qui courent un risque élevé et ont besoin de vaccins mis à jour (la série originale n’offre plus de protection significative face aux nouveaux variants) ne se considèrent tout simplement pas comme faisant partie d’une catégorie à haut risque.

« Nous savons que sept adultes sur dix aux États-Unis présentent en fait un ou plusieurs facteurs de risque de résultat négatif du COVID », a-t-il déclaré à Salon. Ces facteurs incluent non seulement des éléments comme le cancer ou le déficit immunitaire, mais aussi des éléments moins évidents comme le diabète ou le prédiabète, l’hypertension artérielle, les problèmes respiratoires et même l’obésité.

Bien que les symptômes typiques de l’infection au COVID aient changé au fil du temps, nous disposons de plus d’outils – vaccins, médicaments comme Paxlovid, etc. – qu’auparavant, et les risques associés à la fois à la maladie aiguë et aux symptômes post-infectieux restent sensiblement les mêmes que depuis atteint le point où la majeure partie de la population a été exposée à la protéine de pointe du virus, que ce soit par infection par le COVID ou par vaccination contre celui-ci.

« Et donc l’une des choses que nous devons faire est d’aider les gens à comprendre qu’en réalité, la majorité des adultes américains présentent un ou plusieurs facteurs de risque d’une issue négative du COVID, un et une issue négative aiguë. Mais deux, tout le monde est à risque de COVID long », a souligné Adams, même les enfants.

Forme physique virale

Malgré tout cela est resté constant, XEC a suscité l’intérêt des experts, en partie parce qu’il représente actuellement un peu de mystère. Pour comprendre cela, nous devons examiner d’un peu plus près ce qui se passe dans l’évolution virale.

« Il y a trois protéines que nous examinons déjà toujours », a expliqué Rajnarayanan. Ceux-ci incluent la protéine de pointe ; 3Cl, une protéase ou enzyme nécessaire à la réplication virale (c’est la partie du virus ciblée par le traitement antiviral Paxlovid) ; et une protéine appelée N, qui signifie « nucléocapside ».

Ryan Hisner, enseignant et co-auteur de plusieurs articles sur les variantesa déclaré à Salon que là où XEC est le plus surprenant, c’est dans le troisième d’entre eux : N, la nucléocapside.

«Je regarde [XEC’s spike protein]se souvient Hisner, « et en essayant de comprendre, eh bien, je ne vois pas vraiment pourquoi cela croît encore plus vite. Habituellement, si quelque chose sort et commence vraiment à se propager à l’échelle internationale, à se développer et à prendre le relais, il y a un changement assez apparent qui lui confère ce genre d’avantage. Et il ne semblait pas vraiment y avoir quoi que ce soit d’évident. Et j’ai donc commencé à examiner le reste du génome.

Comme le montre clairement la liste de Rajnarayanan, la fameuse protéine de pointe n’est pas la seule partie importante du SRAS-CoV-2. La protéine nucléocapside est de loin la protéine la plus abondante du virus. Dans les coronavirus, dont celui-ci, N joue de nombreux rôlesy compris permettre au virus de se répliquer. Mais un autre rôle vital de la protéine N moyenne est d’emballer le matériel génétique du virus et de le placer à l’intérieur du virion (le virus individuel en cours d’assemblage) pendant l’infection active. Pour ce faire, il s’accroche étroitement à l’ARN, la molécule simple brin qui transforme l’information génétique codée dans l’ADN en protéines.

Les variantes originales du COVID étaient fortement phosphorylées, c’est-à-dire qu’elles contenaient de nombreux atomes de phosphate attachés à différents acides aminés constituant la protéine. Tout ce phosphate a réduit la capacité de N à se lier à l’ARN. Cela semblait représenter un compromis : le virus était efficace pour échapper aux réponses immunitaires de ses hôtes (les humains mais aussi d’autres animaux) et pour faire des copies de son matériel génétique, mais pas très efficace pour les conditionner dans de nouveaux virions.

Du moins, pas si bon par rapport aux variantes les plus récentes que nous avons vues.

En effet, il y a de nombreuses variantes (à l’époque du B.1.1, pour être précis), le virus COVID a inventé une nouvelle astuce : des mutations dans la nucléocapside qui l’ont tronquée, ce qui a donné une protéine plus courte – en gros, une protéine de nucléocapside. il manque la moitié de sa longueur. Cette nouvelle nucléocapside plus courte, appelée N* (prononcé « étoile N »), était toujours capable de se répliquer efficacement, mais était également très efficace pour emballer ou assembler des virions, même si la partie manquante était la partie hautement phosphorylée qui lie l’ARN.

Comme le dit Hisner dans un fil Twittercitant recherche pré-imprimée de la lauréate du prix Nobel de chimie Jennifer Doudna et d’autres, « avec N*, le virus pourrait avoir son gâteau et le manger aussi. Il peut aller de l’avant et phosphoryler un peu plus N, stimulant ainsi la synthèse de l’ARN, sans avoir à sacrifier autant d’efficacité d’assemblage puisque peu de N* peut prendre le relais sur ce front.

Les variantes avec N* ont généralement produit des charges virales plus élevées et une maladie plus grave chez les patients. Hisner note qu’au début de la pandémie, une mutation courante qui est apparue dans de nombreuses variantes juste au niveau ou autour de la région N3 généralement hautement phosphorylée de la nucléocapside a également diminué la phosphorylation – tout comme la mutation qui a produit N* – et que cela a également semblé produire une maladie plus grave.

De toute évidence, réduire la phosphorylation de N et créer du N* a offert des avantages qui ont permis à cette mutation de se développer parmi des générations de variantes.

« Donc, N* était clairement une mutation très avantageuse pendant presque toute la pandémie », a déclaré Hisner, « Et maintenant, il y a cette mutation qui le détruit vraiment. »

Tout a commencé avec l’ancêtre récent de XEC, KP.3.3, qui présente une mutation qui annule la destruction de la région de transcription essentielle de N*, de sorte que la protéine N* ne peut pas être produite. Étonnamment, cette variante a bien fonctionné, prenant le relais au Japon par exemple. Et maintenant, le descendant de KP.3.3, XEC, présente la même petite mutation et se développe aux États-Unis et ailleurs.

« Il se peut que, d’une manière ou d’une autre, la production de N* soit désormais préjudiciable au virus là où elle était auparavant bénéfique », a déclaré Hisner à Salon. En fait, la protéine de pointe de XEC étant à peu près la même que celle de la variante actuellement principale, l’explication de sa croissance surprenante semble être que cette fois, c’est un changement dans la protéine de la nucléocapside, et non dans la protéine de pointe, qui lui donne un rapport relatif. bord.

Jouer au jeu

À propos 450 Américains sont morts du COVID au cours de la dernière semaine de septembre (contre plus de 1 200 la dernière semaine d’août). Une autre proportion — avec des critères et des estimations très variables allant d’environ 2 % à plus de 10 % — se retrouvera avec des symptômes post-COVIDqui incluent un long COVID, mais aussi des choses comme les crises cardiaques et les accidents vasculaires cérébraux, ainsi que l’apparition d’un diabète chez les adultes et les enfants. Les impacts cognitifs, qui peuvent être durables ou permanents, peuvent survenir après des cas bénins. Bien que la COVID soit connue pour avoir des effets sur le système immunitaire et plus d’infections sont en corrélation avec un risque plus élevé de symptômes post-viraux, une infection antérieure n’est pas encore considérée comme une maladie préexistante comme d’autres qui augmentent le risque de tels symptômes.

En tant que maladie vasculaire multisystémique transmise principalement par le système respiratoire, les masques, en particulier les masques respiratoires de type N95, qui utiliser une physique intelligente pour filtrer les particules aussi minuscules que des virus – préviennent efficacement la plupart des transmissions. Cependant, purifier l’air dans les espaces partagés en améliorant la ventilation et en utilisant des filtres à air est probablement le moyen le plus efficace de réduire la disponibilité de variantes sur lesquelles l’évolution peut travailler, tout en offrant de nombreux autres avantages pour la santé et la cognition.

« Cela me frustre », a déclaré Adams, « parce qu’honnêtement, vous contournez la controverse sur le masquage, la vaccination et les obligations lorsque vous faites simplement en sorte que l’air soit plus pur pour tout le monde. […] En fait, j’appelle cela la plus grande opportunité manquée de la pandémie.

Bien sûr, XEC semble avoir actuellement un avantage par rapport aux autres variantes, ce qui explique sa part croissante de cas. Mais ce n’est pas Omicron : contrairement à ce gamechanger, XEC occupe une place importante dans un jeu que nous ne connaissons que trop bien maintenant.