Surveillance génomique active, les technologies NGS peuvent nous préparer à la prochaine pandémie

Un an après que la pandémie de coronavirus a détruit nos vies collectives, notre société est aux prises avec la peur et l’insécurité. En conséquence, nous avons vu la désinformation se répandre comme une traînée de poudre, et beaucoup ont recours à des méthodes bizarres et incorrectes pour lutter contre le virus. Avec cette chronique, qui sera publiée tous les dimanches, nous visons à répondre à toute question de santé ou de vaccin que nos lecteurs pourraient avoir sur la pandémie de coronavirus.

Dans la chronique de cette semaine, le Dr Anurag Agrawal, directeur de l’Institut de génomique et de biologie intégrative, CSIR, a répondu aux questions. Le Dr Agarwal parle des moyens de se préparer aux futures pandémies, de la manière dont le big data et l’IA peuvent aider à cette préparation et pourquoi le kit de test à domicile COVID-19 ne sera pas efficace en Inde.

Sur le plan technologique, quel type de préparation est nécessaire pour faire face aux futures pandémies, en particulier en Inde?

Une surveillance génomique active pour la découverte précoce de pathogènes pandémiques potentiels est nécessaire. Les technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS) ont le potentiel d’améliorer la réponse aux maladies infectieuses émergentes lorsqu’elles sont utilisées parallèlement à une épidémiologie de haute qualité.

Le Big Data et l’IA peuvent-ils être utilisés pour lutter contre le COVID-19? Si c’est le cas, comment?

La surveillance génomique active et l’épidémiologie moléculaire à grande échelle se font en analysant les mégadonnées. L’intelligence artificielle (IA) joue un rôle essentiel dans la recherche de variantes mutantes par les techniques NGS et dans la prédiction de leur comportement. L’IA et les mégadonnées accélèrent également le processus de découverte de médicaments, de modélisation des épidémies et de diagnostic.

Alors que nous avons vu des taux plus élevés de personnes se présenter pour prendre la première dose de vaccin, les taux ont considérablement diminué, pour ceux qui reviennent pour la deuxième et la dernière dose. Quelle est l’efficacité du vaccin si toutes les doses ne sont pas prises?

Le fait de ne pas prendre la deuxième dose réduira considérablement l’efficacité du vaccin. Tout comme un traitement antibiotique inadéquat peut entraîner une résistance aux antibiotiques, des réponses immunitaires inadéquates peuvent aider le virus à y échapper.

Après la baisse initiale des cas, les chiffres ont recommencé à augmenter, en particulier dans quelques États. Quelle peut être la raison de cela?

Je pense que le déclin est fondamentalement lié à un nombre élevé de personnes infectées et rétablies. Nous assistons actuellement à des épidémies persistantes, principalement au Kerala et au Maharashtra. Au Kerala, il semble qu’ils ont mieux contenu l’infection dès le début, et donc ils avaient un plus grand nombre de personnes qui n’étaient pas affectées d’ici la fin de 2020. Les interactions sociales pendant l’Onam ou le Nouvel An peuvent avoir déclenché l’épidémie actuelle.

Dans le Maharashtra, il semble y avoir plusieurs raisons. Premièrement, des poches de personnes vulnérables en dehors des grandes villes. Deuxièmement, l’immunité en baisse dans des endroits comme Mumbai où 7 à 8 mois se sont écoulés depuis les premières grosses vagues. Troisièmement, certains rapports de variantes avec une capacité d’échappement immunitaire, qui doivent être confirmées. Nous y avons offert de l’aide pour étendre le séquençage. Au Kerala, l’IGIB a récemment séquencé environ 700 échantillons dans les districts et nous ne voyons pas de variantes de fuite immunitaire comme la principale raison, bien qu’il y ait eu une augmentation d’une variante appelée N440K dans le sud de l’Inde.

Quand les kits de test à domicile seront-ils disponibles pour COVID-19 en Inde?

Technologiquement, nous pouvons le faire bientôt. En pratique, ce n’est peut-être pas une solution idéale pour l’Inde. Les cliniques ou centres locaux devraient être autorisés à proposer des tests au point de service. TATA MD Check, alimenté par FELUDA, est désormais automatisé et est proposé via des fourgons mobiles. Une camionnette mobile peut effectuer plus de 3000 tests par jour. Nous sommes en discussion pour les utiliser pour des tests locaux lors d’épidémies potentielles.

Vous avez des questions sur le coronavirus? Ou les vaccins? Envoyez-nous vos questions: Tweetez avec #AskADoctor. Chaque semaine, nous aurons un expert en santé publique pour répondre à vos préoccupations dans cette colonne.