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Affiliations des auteurs : Institut de médecine tropicale Pedro Kouri, La Havane, Cuba (AJ Benitez, M. Alvarez, L. Perez, R. Gravier, S. Serrano, DM Hernandez, M. Perez, G. Gutierrez-Bugallo Y. Martinez, A. Companioni, S .Resik, V. Kouri, MG Guzman); Ministère cubain de la Santé, La Havane (C. Peña, JR de Armas, D. Couto, I. Betancourt, M. Rivera)
Le 9 mai 2024, l’Organisation panaméricaine de la santé a signalé 5 193 cas de fièvre d’Oropouche (également appelée maladie à virus d’Oropouche) en Bolivie, au Brésil, en Colombie et au Pérou et a envoyé une alerte concernant des cas autochtones dans des régions du Brésil et de Bolivie, où la maladie n’avait pas été signalée auparavant (1). Au cours de la dernière décennie, la fièvre d’Oropouche a été signalée principalement dans la région amazonienne. Cependant, en 2014, le premier cas en dehors de cette région a été enregistré en Haïti, ce qui suscite des inquiétudes quant à son extension géographique (2). Le virus a été détecté en Amérique centrale et en Amérique du Sud (par exemple en Bolivie, au Brésil, en Colombie, au Pérou et au Panama) ; environ 500 000 cas ont été diagnostiqués. Compte tenu du tableau clinique de la fièvre d’Oropouche (fièvre, céphalées, arthralgies, myalgies), la maladie peut être confondue avec la dengue, le virus Zika ou d’autres maladies fébriles.
Le virus Oropouche (OROV) est un membre de la famille Peribunyaviridésgenre Orthobunyaviruset a été identifié pour la première fois à Trinité-et-Tobago. L’OROV est maintenu dans la nature par des cycles sylvatiques et urbains. On pense que le cycle urbain implique principalement la morsure de Culicoïdes paraensis Un autre vecteur urbain dans les régions tropicales, où il se nourrit à la fois d’humains et d’animaux, est le Culex quinquefasciatus moustique (3). Le génome OROV comprend 3 segments d’ARN monocaténaire à polarité négative (grand, moyen et petit). Les études de séquençage du petit segment suggèrent l’existence de 4 génotypes (I-IV) (4,5).
La source des patients pour la surveillance de la dengue à Cuba est la recherche au niveau des soins de santé primaires, la prise en charge clinique et la notification des cas de maladie fébrile aiguë (MFA) d’étiologie inconnue ou des cas suspects de dengue. Un réseau de 30 laboratoires avec une capacité de détection d’IgM de la dengue garantit la surveillance sérologique effectuée sur des échantillons prélevés au 6e jour après l’apparition de la fièvre. Les échantillons positifs sont confirmés au Laboratoire national de référence de l’Institut Pedro Kouri (NRL-IPK). La surveillance moléculaire au NRL-IPK permet l’identification par PCR en temps réel des virus de la dengue dans des échantillons de phase aiguë provenant de patients suspects. Les échantillons négatifs sont testés pour les virus Zika, chikungunya et fièvre jaune. Le NRL-IPK est également chargé de la surveillance génétique des virus (6). La surveillance environnementale et entomologique complète le système national de surveillance intégrée des arbovirus.
Le 20 mai 2024, le NRL-IPK a reçu des échantillons de 89 patients atteints d’AFI d’étiologie inconnue dans les provinces de Santiago de Cuba et de Cienfuegos, à Cuba, où une augmentation des cas similaires avait été signalée, la plupart négatifs pour les IgM de la dengue. Les patients ont signalé une apparition aiguë de fièvre avec des maux de tête et des douleurs articulaires pendant 2 à 3 jours et une récupération rapide. L’âge médian des patients était de 35 ans (écart interquartile) [IQR] 19–50) ; 49,4 % des patients étaient des femmes et 51,6 % des hommes. Sur les 89 échantillons de sérum reçus, 69 provenaient de Santiago de Cuba (Boniato, n = 39 ; Songo la Maya, n = 30) et 20 de Cienfuegos (Abreu, n = 4 ; Cienfuegos, n = 11 ; et Rodas, n = 5). Des échantillons d’urine (n = 6) et de selles (n = 30) ont également été collectés auprès des 89 patients.
Nous avons extrait l’ARN en utilisant le kit commercial QIAamp Viral RNA Mini (QIAGEN, https://www.qiagen.com) selon les instructions du fabricant. Nous avons traité l’ARN extrait des virus de la dengue, du Zika et du chikungunya en utilisant la PCR en temps réel (7–9), et tous les échantillons de sérum étaient négatifs. Résultats du test rapide pour la protéine non structurale 1 de la dengue (Bioline Dengue Duo ; Abbott Laboratories, https://www.abbott.com) et les IgM du chikungunya (Kabla Diagnósticos, https://www.biodiagnosticos.com) étaient également négatifs. Les échantillons fécaux étaient négatifs pour l’entérovirus (10).
Nous avons examiné 89 échantillons de sérum et 6 échantillons d’urine pour les virus Oropouche et Mayaro en utilisant la PCR en temps réel (11). Tous les échantillons étaient négatifs pour le virus Mayaro, et 74 (83,1 %) échantillons de sérum (54 de Santiago de Cuba et 20 de Cienfuegos) et 5 (83,3 %) échantillons d’urine étaient positifs pour OROV.
Pour la caractérisation génétique virale, nous avons étudié 9 échantillons de sérum (3 de Boniato, 3 de Songo La Maya et 3 de Cienfuegos). Nous avons soumis l’ARN extrait à une transcription inverse par PCR en utilisant le système QIAGEN OneStep RT-PCR Kit et les amorces NORO5 (5′-AAAGAGGATCCAATAATGTCAGAGTTCATTT-3′) et ORON3 (5′-AATTCGGAATTGGCATATAGTGGAATTCAC-3′) (12). Nous avons purifié les fragments de 626 pb obtenus, qui codent pour la nucléocapside virale (positions 85–718), en utilisant le kit de purification QIAquick PCR (QIAGEN), suivi d’un séquençage avec le kit de démarrage rapide de séquençage de cycle Dye Terminator (Analis, https://www.analis.com) et les amorces NORO5, ORON3, OROV-F (5′-TCCGGAGGCAGCATATGTG-3′) et OROV-R (5′-AAGTGCTCAATGCTGGTGTTGT-3′) (offerts par l’Organisation panaméricaine de la santé). Nous avons purifié les produits de séquençage, puis séparé les fragments générés sur un séquenceur CEQ 8800 Genetic Analysis System (Analis). Nous avons édité et assemblé les électrophérogrammes en utilisant le logiciel Sequencher version 4.10.1 (Gene Codes Corporation, https://www.genecodes.com). Comme référence, nous avons utilisé la séquence complète du petit segment de la souche d’orthobunyavirus Oropouche (numéro d’accès GenBank OP244879.1, isolat d’orthobunyavirus Oropouche 0200178W, petit segment, séquence complète). Analyses phylogénétiques (MEGA version 6) (13) ont révélé que les virus isolés se sont regroupés dans une branche distincte, étroitement liée à ceux signalés au Brésil en 2023 (figure 1).
Après avoir identifié la transmission de l’OROV, la surveillance nationale de la dengue et de la fièvre d’Oropouche a été intensifiée (recherche active de cas d’AFI). En outre, des interventions de lutte antivectorielle (traitement adulticide, réduction des sources, gestion de l’environnement, application de biolarvicides sur les sites de reproduction permanents) ont été mises en œuvre dans les zones de transmission confirmée.
Entre le 28 mai et le 3 juin 2024, nous avons traité 31 échantillons de sérum prélevés dans des localités où les cas d’AFI ont augmenté (San Nicolas de Bari à Mayabeque ; Perico, Cienaga de Zapata et Jovellanos à Matanzas ; et Ranchuelo à Villa Clara). L’infection à OROV a été confirmée dans 25 échantillons (80,6 %) : 7 dans les provinces de Matanzas, 9 dans celles de Mayabeque et 9 dans celles de Villa Clara (tableau 1). L’âge médian des patients était de 34,5 ans (entre 4 et 83 ans), le ratio homme:femme était de 1,1. Les signes et symptômes par ordre de fréquence étaient la fièvre, les céphalées, le malaise général, la myalgie et l’arthralgie (tableau 2 ; figure 2 ; tableau en annexe). Aucun cas grave ou mortel n’a été signalé.
Pour étudier le vecteur impliqué dans la transmission de l’OROV à Cuba, nous avons collecté 156 C. quinquefasciatus moustiques et 49 Ceratopogonidae spp. provenant de zones suspectes de transmission dans 5 blocs de maisons à Boniato. Après identification du vecteur potentiel, nous avons regroupé les femelles non visiblement gorgées C. quinquefasciatus les moustiques dans 9 groupes (10–20/groupe) et Ceratopogonidae spp. en 2 pools (7–19/pool). Nous avons extrait l’ARN et effectué une PCR en temps réel. Les échantillons positifs ont été attribués à 5 (56 %) pools de C. quinquefasciatus moustiques et 1 (50%) piscine de Ceratopogonidae moucherons piqueurs.
L’une des limites de notre étude était la collecte de signes/symptômes à l’aide d’un formulaire standardisé pour les cas d’infections respiratoires aiguës ou de dengue ; par conséquent, nous aurions pu passer à côté de manifestations moins courantes telles que la méningite. De plus, la présence d’ARN viral ne confirme pas le rôle du vecteur dans la transmissibilité du virus. Des travaux supplémentaires sont nécessaires pour déterminer les principaux vecteurs responsables de l’épidémie actuelle.
La fièvre d’Oropouche est une maladie émergente préoccupante en Amérique du Sud et en Amérique centrale. La transmission en dehors de la région amazonienne est probablement silencieuse et non détectée par les systèmes de surveillance de la santé publique. Nos résultats confirment une épidémie d’OROV à Cuba. La transmission a été détectée dans des localités semi-urbaines de 5 des 16 provinces situées dans les parties occidentale, centrale et orientale du pays. La surveillance de la dengue nous a permis d’identifier des cas d’AFI non liés à la dengue. En août 2024, la transmission d’OROV avait été confirmée dans 7 provinces. L’épidémie à Cuba alerte les Amériques et le monde sur la nécessité de systèmes de surveillance dynamique intégrés pour détecter l’introduction et la transmission précoce d’OROV et par conséquent mettre en œuvre des mesures efficaces pour son contrôle.
Mme Benitez est microbiologiste à l’Institut de médecine tropicale Pedro Kouri de La Havane, à Cuba, où elle prépare un master en virologie. Ses principaux domaines de recherche sont les infections à arbovirus, notamment le diagnostic moléculaire viral.
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Nous remercions Jairo Mendez, Leticia Franco, Felipe Naveca et Yosiel Molina pour leurs commentaires et recommandations utiles.
Ce travail a été financé par le ministère cubain de la Santé. Les réactifs de PCR en temps réel ont été fournis par l’Organisation panaméricaine de la santé.
MGG, SR et VK ont coordonné et conçu l’étude, analysé les résultats et rédigé et révisé le manuscrit ; MA a mené le travail de laboratoire, analysé les résultats et nettoyé les données ; AJB, SS et MP ont réalisé toutes les PCR en temps réel ; LP, RG et MP ont réalisé la caractérisation génétique ; GG, YM et AC ont réalisé les études vectorielles ; et CP, JRA et MR ont coordonné les études épidémiologiques et de terrain ; et DC et IB ont collecté les données cliniques et épidémiologiques. Tous les auteurs ont examiné le projet et approuvé la version finale.