Pourquoi les scientifiques s’inquiètent davantage de la variante Covid-19 découverte en Afrique du Sud

Un travailleur de la santé tenant une aiguille hypodermique reliée à un flacon de vaccin.
La principale préoccupation est que les mutations de Covid-19 pourraient nuire à l’efficacité des vaccins. | Emmanuel Dunand / AFP via Getty Images

Le variant porte des mutations qui peuvent affaiblir l’effet des vaccins.

Le 15 janvier, des responsables américains de la santé publique ont averti qu’une variante plus contagieuse du coronavirus responsable du Covid-19 pourrait dominer les infections aux États-Unis d’ici mars. Ce sinistre avertissement faisait référence à B.1.1.7, une variante qui a été identifiée pour la première fois au Royaume-Uni.

Mais maintenant, une semaine plus tard, les scientifiques sont de plus en plus préoccupés par une autre variante qui a émergé en Afrique du Sud.

Il existe des preuves provenant de plusieurs petites études, qui n’ont pas encore été évaluées par des pairs, que des mutations dans la variante sud-africaine – connue sous le nom de 501Y.V2 et déjà présente dans au moins 23 pays – peuvent présenter un risque plus élevé de réinfection par Covid-19 chez les humains. qui ont déjà été malades et devraient encore être immunisés contre la maladie.

Les scientifiques n’ont pas confirmé que cette variante était plus contagieuse, bien que les preuves pointent dans cette direction. Ils craignent également que 501Y.V2 n’ait des implications sur les traitements du Covid-19. Regeneron, une société qui a développé un cocktail de deux anticorps monoclonaux comme thérapie pour les patients atteints de la maladie, a rapporté que 501Y.V2 pourrait être en mesure d’éluder l’un des anticorps de son mélange. Le médicament est toujours efficace, mais des mutations ultérieures pourraient le rendre moins efficace.

Mais le plus alarmant est peut-être la perspective que les mutations de la variante pourraient limiter l’efficacité des vaccins existants, l’un des meilleurs outils dont nous disposons pour contrôler la pandémie.

Les résultats de ces études récentes sont «une indication sérieuse que nous devons examiner de près l’efficacité des vaccins», a déclaré Penny Moore, virologue à l’Institut national des maladies transmissibles en Afrique du Sud, à Vox. Pris ensemble, ils soulignent les dangers de laisser Covid-19 se propager de manière incontrôlée et annoncent également les défis qui nous attendent alors que le virus continue d’évoluer.

Ce que la variante du coronavirus 501Y.V2 pourrait signifier pour les vaccins Covid-19

Moore est l’auteur principal d’une nouvelle étude sur 501Y.V2, publiée mardi en pré-impression sur BioRxiv. Elle et son équipe en Afrique du Sud ont prélevé des échantillons de plasma sanguin sur 44 personnes qui avaient été infectées par le coronavirus lors de la première vague d’infections du pays l’été dernier, puis ont vérifié comment leurs anticorps existants répondaient à 501Y.V2 ainsi qu’à des variantes plus anciennes.

Les chercheurs ont trié les échantillons de plasma en catégories – concentrations d’anticorps élevées et faibles. Bien que les anticorps puissent décroître après l’infection, cela ne signifie pas nécessairement que la protection disparaît complètement. Une autre étude récente a montré que l’immunité résultant d’une infection dure au moins cinq mois chez la plupart des gens, de sorte que les anticorps de ceux qui ont eu le virus devraient toujours se protéger contre les versions antérieures du virus si quelqu’un est à nouveau infecté.

Dans 21 cas – près de la moitié – les anticorps existants étaient impuissants contre la nouvelle variante lorsqu’ils étaient exposés dans des tubes à essai. Cela était particulièrement vrai pour le plasma de personnes qui avaient une infection antérieure légère et des niveaux inférieurs d’anticorps, pour commencer.

Les résultats suggèrent que l’immunité contre les versions précédentes du virus pourrait ne pas aider les individus à repousser la nouvelle variante s’ils sont exposés, en particulier si leur cas précédent était bénin ou sans symptômes.

Pour Trevor Bedford, scientifique du Fred Hutch Cancer Research Center, qui n’était pas impliqué dans la recherche, l’étude est également venue comme un signe d’avertissement possible concernant les vaccins. Dès l’automne de cette année, les fabricants devront peut-être commencer à reformuler leurs vaccins pour répondre aux changements du code génétique du virus, a-t-il écrit sur Twitter:

Les mutations spécifiques qui inquiètent le plus les scientifiques

Le variant 501Y.V2 porte une mutation particulièrement préoccupante, connue sous le nom de E484K. Ce changement apparaît dans la partie du virus, la protéine de pointe, qui s’insère dans le récepteur des cellules humaines. La protéine de pointe est également la cible principale des vaccins à ARNm actuellement disponibles, de Pfizer / BioNTech et Moderna.

« Cette mutation se trouve en plein milieu d’un hotspot dans la pointe », a déclaré Moore. Et il est devenu notoire parmi les virologues pour sa capacité à éluder les anticorps anti-coronavirus.

Les scientifiques ont démontré comment cela pouvait se produire dans d’autres expériences de culture cellulaire. Une nouvelle étude, également sous forme de pré-impression par des chercheurs sud-africains, ressemble à une approche similaire à celle de Moore – testant la réaction des anticorps de six donneurs de plasma convalescents à 501Y.V2. Mais cette fois, ils ont utilisé des virus vivants, considérés comme «l’étalon-or de ces expériences», a déclaré le co-auteur de l’étude, Richard Lessells, spécialiste des maladies infectieuses à l’Université du KwaZulu-Natal. Et leurs découvertes vont dans le même sens: 501Y.V2 peut – au moins en laboratoire – échapper à la réponse anticorps provoquée par une infection antérieure, et la mutation E484K «a l’association la plus claire avec la fuite immunitaire».

Dans une autre pré-impression BioRxiv récemment publiée, des chercheurs de l’État de Washington ont suivi comment les mutations modifiaient l’efficacité de la réponse anticorps dans le plasma convalescent de 11 personnes – et ont également découvert que l’E484K avait des capacités d’évasion des anticorps particulièrement puissantes.

D’autres variantes préoccupantes portent également la mutation E484K, dont une identifiée pour la première fois à Manaus, au Brésil, connue sous le nom de P.1. Et une étude de cas suggère que la réinfection chez certaines personnes pourrait être possible lorsqu’elles sont exposées à la nouvelle variante.

Dans une pré-impression, des chercheurs brésiliens ont documenté le cas d’une patiente de Covid-19 âgée de 45 ans sans comorbidités, qui des mois après son premier combat contre la maladie, a été réinfectée avec la nouvelle variante. Le patient a eu une maladie plus grave la deuxième fois. Bien qu’il s’agisse de preuves limitées, cela «pourrait avoir des implications majeures pour les politiques de santé publique, les stratégies de surveillance et de vaccination», ont écrit les auteurs.

Le contexte plus large de l’étude est également préoccupant: après que l’on estime que plus des trois quarts de la population de Manaus étaient infectés par le virus lors d’une poussée printanière, les cas s’accumulent à nouveau et les hôpitaux se remplissent. Les chercheurs soupçonnent que les réinfections avec la nouvelle variante pourraient être le moteur.

«Les nouvelles ne sont pas toutes sombres»

Mais « les nouvelles ne sont pas toutes sombres », a déclaré le virologue évolutionniste de l’Université de l’Utah Stephen Goldstein. Une pré-impression, dirigée par des scientifiques de l’Université Rockefeller, a suggéré que les anticorps du vaccin pourraient être plus puissants que les anticorps d’une infection antérieure. Les chercheurs ont testé des échantillons de sang de 14 personnes qui avaient reçu le vaccin Moderna et de six qui avaient été immunisées avec le vaccin Pfizer / BioNTech. La mutation E484K, et deux autres trouvées dans la variante sud-africaine, ont été associées à une baisse «petite mais significative» de l’activité des anticorps, ont découvert les chercheurs.

Pourtant, a déclaré Goldstein, les anticorps induits par le vaccin « sont si élevés au départ que le sérum était encore extrêmement puissant contre le mutant. »

Pour bien comprendre la menace que représentent les mutations pour les vaccins, nous aurons besoin d’essais cliniques impliquant des personnes vaccinées, a déclaré Moore. «Ces études signalent un problème», a-t-elle ajouté, «mais comment cela se traduit dans la vraie vie, nous ne pouvons pas le dire.»

Il existe également une énorme variation dans les réponses immunitaires entre les personnes, a déclaré Goldstein. Dans l’article de Washington, les chercheurs ont découvert «une vaste variation de personne à personne» dans la façon dont les mutations affectaient la réponse anticorps d’un individu.

«En fin de compte, il y a des raisons de s’inquiéter d’une efficacité réduite, mais l’efficacité ne tombera pas d’une falaise», a déclaré Goldstein. «Les vaccins sont incroyablement puissants. … Si [they go] à partir de 95% [efficacy] à 85%, voire un peu moins, nous sommes toujours en pleine forme. » C’est pourquoi les chercheurs et les responsables de la santé publique préconisent fortement que tout le monde soit vacciné le plus rapidement possible.

Malgré cela, Moore a averti: «Du point de vue de la fuite immunitaire, les variantes détectées pour la première fois au Brésil et en Afrique du Sud sont plus préoccupantes, mais ce n’est que le début. C’est notre première indication que ce virus peut changer et change. »

Il est possible qu’au fur et à mesure que nous en apprenions davantage, même la mutation E484K ne se révèle pas compromettre les vaccins. Mais il peut y avoir d’autres changements dans le virus qui se cachent là-bas ou en évolution qui échapperont même aux anticorps induits par le vaccin. «Tant de gens sont maintenant infectés qu’il s’agit d’une course à l’armement – le virus a maintenant toutes les chances de muter», a déclaré Moore, «afin qu’il puisse prendre ces mesures sur la voie de l’évasion immunitaire plus facilement.