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Le virus de la grippe aviaire H5N1 a commencé à se propager chez les vaches au Texas en décembre

UNLes autorités agricoles et les épidémiologistes tentent de comprendre la portée du dernier chapitre déroutant de l’histoire longue de plusieurs décennies du virus de la grippe aviaire H5N1 – son apparition dans les troupeaux de bovins laitiers américains – ils se tournent vers le fil d’Ariane génétique du virus. laisse dans le nez, les poumons et, principalement, le lait des animaux.

Mercredi, des scientifiques du Département américain de l’Agriculture ont publié une préimpression — une étude qui n’a pas encore été évaluée par des pairs — décrivant pour la première fois ce que leurs investigations sur 220 génomes viraux provenant de vaches infectées ont révélé jusqu’à présent. Les auteurs de l’étude suggèrent que la propagation chez le bétail a commencé à partir d’un seul événement de propagation provenant d’oiseaux dans l’enclave du Texas, qui aurait pu se produire début décembre. L’USDA n’a confirmé la présence du H5N1 dans un troupeau du Texas que le 25 mars.

« Ces données soutiennent un seul événement d’introduction d’un virus provenant d’oiseaux sauvages chez le bétail, probablement suivi d’une circulation locale limitée pendant environ 4 mois avant la confirmation par l’USDA », ont écrit les auteurs.

Les résultats ajoutent plus de précision à ce qui avait été rapporté précédemment par les scientifiques universitaires. La lecture des génomes viraux peut fournir des indices sur les origines de l’épidémie et permet aux chercheurs de surveiller l’évolution du virus, qui infecte principalement les oiseaux sauvages et d’élevage, à mesure qu’il s’implante chez les hôtes bovins.

Dans une première analyse des données de séquençage du génome de l’USDA publiée la semaine dernière, des chercheurs universitaires en ADN ont révélé que l’épidémie chez les vaches laitières durait probablement depuis des mois de plus qu’on ne le pensait auparavant et qu’elle s’était probablement propagée plus largement que ne le suggéraient les chiffres officiels. Jusqu’à présent, l’USDA a signalé que 36 troupeaux dans neuf États avaient été testés positifs pour le virus.

La nouvelle analyse ouvre également une fenêtre sur la manière dont la grippe aviaire évolue à mesure qu’elle passe du temps dans le corps des bovins.

Au cours des dernières années, le H5N1 s’est propagé des oiseaux sauvages à une variété de mammifères carnivores, notamment les renards, les ours et les phoques, mais dans chacun de ces cas, le virus s’est retrouvé dans une impasse. L’épidémie chez les vaches laitières représente l’une des premières fois où ce virus de la grippe aviaire démontre sa capacité à se transmettre efficacement entre mammifères, a déclaré Thomas Mettenleiter, virologue qui a été directeur de l’Institut Friedrich Loeffler – le principal centre de recherche allemand sur les maladies animales -. de 1996 jusqu’à sa démission l’année dernière. L’autre exemple concerne un certain nombre d’épidémies dans des élevages de visons en Espagne et en Finlande en 2022 et 2023, respectivement.

« Ces événements de débordement ne conduisent généralement pas à des chaînes de transmission », a-t-il déclaré. «Cette situation est définitivement une révélation pour moi.»

L’analyse de l’USDA a révélé environ deux douzaines de mutations apparues dans le virus H5N1 lors de sa circulation chez les bovins laitiers, connus pour rendre les virus de la grippe plus mortels ou plus susceptibles d’infecter les humains.

« Il est encore très difficile d’en tirer une cartographie des risques, mais il semble y avoir une évolution continue », a déclaré Mettenleiter. « Ce n’est pas surprenant mais c’est bon à savoir. Tous ces passages de mammifère à mammifère, comme nous le ferions expérimentalement, exercent une pression évolutive sur le virus pour qu’il mute et c’est ce que nous constatons avec l’augmentation de ces marqueurs d’adaptation connus des mammifères.

Vivien Dugan, directrice de la division grippe des Centers for Disease Control and Prevention, a déclaré jeudi à STAT que les mutations trouvées jusqu’à présent ne soulevaient aucun signal d’alarme immédiat concernant un risque accru pour la santé humaine.

« Je pense que sur la base de notre analyse du consensus et de certaines de ces données brutes [sequence] « Parce que nous entretenons de bonnes relations de partage de données avec l’USDA, nous n’avons rien vu qui puisse nous inquiéter pour l’adaptation des mammifères, à ce stade », a déclaré Dugan.

Le CDC a testé les vaccins H5 existants chez les furets, et constaté que la vaccination semble offrir une protection croisée contre le virus de l’homme qui a été infecté au Texas.

Les scientifiques qui ont été frustrés par la lenteur des données issues des enquêtes de l’USDA ont salué la prépublication sur les réseaux sociaux comme un progrès. « Vraiment reconnaissant à cette équipe de recherche d’avoir partagé cela, même si j’espère qu’ils ne conservaient pas les données uniquement pour s’assurer qu’ils les publiaient en premier », Angela Rasmussen, virologue qui étudie les agents pathogènes qui passent des animaux aux humains au Vaccine and Infectious. Disease Organization de l’Université de la Saskatchewan, à Saskatoon, Canada, posté sur X jeudi.

Depuis des semaines, l’agence fait face aux critiques de scientifiques et d’experts en matière de pandémie pour son manque de transparence et de partage en temps opportun des données sur l’épidémie, ce qui a ralenti les efforts visant à suivre sa progression. Lorsque l’USDA a finalement téléchargé une grande partie des séquences génétiques de l’agent pathogène dans une base de données publique, les chercheurs désireux d’analyser les séquences pour déterminer si le virus H5N1 avait changé au fur et à mesure de sa transmission de vache à vache ont rapidement découvert que les séquences n’avaient pas changé. inclure les informations nécessaires sur le moment et le lieu où les échantillons ont été collectés. Tous sont simplement étiquetés « USA » et « 2024 ».

L’USDA a nié avoir retiré ces informations de base – appelées métadonnées – des fichiers de séquence. Le service d’inspection zoosanitaire et phytosanitaire de l’agence a déclaré qu’il partageait les données de séquences brutes dès qu’elles étaient disponibles et prévoyait de télécharger des « séquences consensuelles », qui seront éditées de manière plus approfondie et contiendront les métadonnées recherchées par les scientifiques, lorsqu’elles seront prêtes.

Helen Branswell a contribué au reportage.




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