Le traçage génétique sur le marché des fruits de mer de Huanan confirme l’origine des animaux infectés par le COVID
Une nouvelle étude collaborative internationale fournit une liste des espèces sauvages présentes sur le marché d’où le SARS-CoV-2, le virus responsable de la pandémie de COVID-19, est probablement apparu fin 2019. L’étude est basée sur une nouvelle analyse de données métatranscriptomiques publiées par le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies (CDC). Les données proviennent de plus de 800 échantillons collectés dans et autour du marché de gros de fruits de mer de Huanan à partir du 1er janvier 2020, et de génomes viraux signalés chez les premiers patients atteints de COVID-19. L’étude paraît le 19 septembre dans la revue Cellule.
« Il s’agit de l’un des ensembles de données les plus importants qui existent sur l’origine de la pandémie de COVID-19 », déclare Florence Débarre, co-auteure correspondante du rapport, du Centre national de la recherche scientifique (CNRS). « Nous sommes extrêmement reconnaissants que ces données existent et qu’elles aient été partagées. »
« Cet article ajoute une couche supplémentaire aux preuves qui s’accumulent et qui pointent toutes vers le même scénario : des animaux infectés ont été introduits sur le marché entre la mi-novembre et la fin novembre 2019, ce qui a déclenché la pandémie », explique Kristian Andersen, co-auteur correspondant de Scripps Research.
« Nous avons analysé, de manière nouvelle et rigoureuse, les données d’une importance vitale recueillies par l’équipe du CDC chinois », explique Michael Worobey, coauteur de l’étude et de l’Université d’Arizona. « Il s’agit d’une analyse faisant autorité de ces données et de la manière dont elles s’intègrent au reste de l’énorme corpus de preuves dont nous disposons sur la façon dont la pandémie a commencé. »
Le 1er janvier 2020, après le retrait des animaux et quelques heures seulement après la fermeture du marché, des enquêteurs du CDC chinois se sont rendus sur place pour recueillir des échantillons. Ils ont prélevé des échantillons sur les sols, les murs et d’autres surfaces des stands ; ils sont revenus quelques jours plus tard pour se concentrer sur les surfaces des stands vendant des animaux sauvages, comme une cage et des chariots utilisés pour déplacer les animaux, puis ont également collecté des échantillons dans les canalisations et les égouts.
Ils ont procédé au séquençage métatranscriptomique des échantillons, une technique visant à obtenir toutes les séquences d’ARN (et qui peut également capter l’ADN) de tous les organismes présents dans les échantillons – virus, bactéries, plantes, animaux, humains. L’équipe du CDC chinois, dirigée par Liu Jun, a publié ses données et résultats en 2023 dans la revue Nature. Cependant, l’article n’a pas résolu l’identité exacte des espèces animales trouvées dans les données qui pourraient représenter des hôtes intermédiaires plausibles. Le CDC chinois a partagé ses données de séquençage sur des référentiels publics et ouverts.
Selon la dernière analyse de ces données publiée dans CelluleLe SARS-CoV-2 était présent dans certains des mêmes étals que les animaux sauvages vendus au marché, notamment des chiens viverrins (de petits animaux ressemblant à des renards avec des marques similaires à celles des ratons laveurs) et des civettes (de petits mammifères carnivores apparentés aux mangoustes et aux hyènes). Dans certains cas, du matériel génétique du virus SARS-CoV-2 et de ces animaux a même été retrouvé sur les mêmes écouvillons. Les espèces animales exactes ont été identifiées par génotypage de leurs génomes mitochondriaux dans les échantillons.
« De nombreuses espèces animales clés avaient été évacuées avant l’arrivée des équipes chinoises du CDC, nous ne pouvons donc pas avoir de preuve directe que les animaux étaient infectés », explique Débarre. « Nous voyons des traces d’ADN et d’ARN de ces animaux dans les échantillons environnementaux, et certains se trouvent dans des étals où le SARS-CoV-2 a également été détecté. C’est ce à quoi on s’attendrait dans un scénario où il y aurait des animaux infectés sur le marché. »
« Ce sont les mêmes animaux que ceux qui ont permis au premier coronavirus du SRAS de se propager aux humains en 2002 », ajoute Worobey. « C’est la chose la plus risquée que nous puissions faire : prendre des animaux sauvages qui regorgent de virus et jouer avec le feu en les mettant en contact avec des humains vivant au cœur des grandes villes, dont la densité de population facilite la propagation de ces virus. »
L’équipe internationale a également procédé à une analyse évolutive des premiers génomes viraux signalés au cours de la pandémie, y compris ces séquences environnementales, et a déduit les génotypes progéniteurs les plus probables du virus qui a infecté les humains et conduit à la pandémie de COVID-19. Les résultats suggèrent qu’il y avait très peu, voire aucun, d’humains infectés avant l’épidémie sur le marché. Cela concorde avec les retombées des animaux vers les humains au sein du marché. Il se peut également qu’il y ait eu des retombées d’impact limité dans le commerce animalier immédiat en amont.
« Dans cet article, nous montrons que les séquences liées au marché sont cohérentes avec une émergence du marché », explique Débarre. « La principale diversité du SARS-CoV-2 était présente sur le marché dès le début. »
La nouvelle étude a abouti à une courte liste d’espèces animales présentes sur le marché humide et présentant des échantillons viraux concomitants ou proches de ceux-ci, qui pourraient représenter les hôtes intermédiaires les plus probables du SRAS-CoV-2. Le chien viverrin commun, une espèce sensible au SRAS-CoV-2 et qui a été porteur du SRAS-CoV en 2003, s’est avéré être l’animal le plus abondant génétiquement dans les échantillons provenant des étals d’animaux sauvages du marché. Du matériel génétique de civettes palmistes masquées, qui étaient également associées à l’épidémie précédente de SRAS-CoV, a également été trouvé dans un étal contenant l’ARN du SRAS-CoV-2. D’autres espèces telles que le rat bambou cendré et les porcs-épics malais ont également été trouvés présents dans des échantillons positifs au SRAS-CoV-2, ainsi qu’une multitude d’autres espèces.
Bien que les données ne puissent pas prouver si un ou plusieurs de ces animaux ont pu être infectés, les analyses de l’équipe fournissent une liste claire des espèces les plus susceptibles d’avoir été porteuses du virus et des informations génétiques qui pourraient être utilisées pour aider à retracer leur origine.
Les chercheurs soulignent l’importance de comprendre les origines de la pandémie de COVID-19, notamment à la lumière d’autres événements récents, comme la propagation du virus de la grippe aviaire chez les bovins aux États-Unis. « Il y a eu beaucoup de désinformation et de fausses informations sur l’origine du SRAS-CoV-2 », explique Worobey. « La raison pour laquelle il est si important de le savoir est que cela affecte la sécurité nationale et la santé publique, pas seulement aux États-Unis mais dans le monde entier. Et la vérité est que, depuis le début de la pandémie il y a plus de quatre ans, bien que l’accent ait été mis sur la sécurité des laboratoires, peu de mesures ont été prises pour réduire le risque qu’un scénario zoonotique comme celui-ci se reproduise. »
