« Le fardeau des symptômes post-aigus du COVID-19 dans une analyse de cohorte d’un réseau multinational »

Sources de données, conception de l’étude et période d’étude

Nous avons mené une étude de cohorte descriptive basée sur la population en utilisant les dossiers de santé électroniques de soins primaires d’Angleterre, du Royaume-Uni et de Catalogne, Espagne.

Les dossiers de santé électroniques de soins primaires en Angleterre ont été obtenus auprès du Clinical Practice Research Datalink (CPRD) AURUM, qui représente 20 % de la population du Royaume-Uni.^25,26. Les données espagnoles ont été obtenues du Système d’information pour la recherche en soins primaires (SIDIAP ; www.sidiap.org), qui capture plus de 75 % de la population vivant en Catalogne, une région du nord-est de l’Espagne.²³. SIDIAP a été lié aux dossiers de sortie des hôpitaux publics et privés de Catalogne (Conjunt Mínim Bàsic de Dades d’Alta Hospitalària, CMBD-AH)²⁷. Les deux bases de données comprennent des informations sur les données démographiques, les diagnostics cliniques et les tests de laboratoire, y compris les tests de réaction en chaîne par polymérase à transcription inverse du SRAS-CoV-2 (RT-PCR). SIDIAP capture également les tests d’antigène SARS-CoV-2 effectués dans les établissements publics de santé. Bien que des informations sur les tests d’antigène SARS-CoV-2 puissent apparaître dans le CPRD, les décomptes devraient être incomplets.

Les bases de données ont été standardisées selon le modèle de données commun du Partenariat observationnel sur les résultats médicaux (OMOP CDM).²⁸permettant d’appliquer le même code analytique sans partager de données individuelles.

La période d’étude s’est étendue du 1er septembre 2020 jusqu’à la fin de la disponibilité des données, soit janvier 2022 pour le CPRD et mars 2022 pour le SIDIAP, où les données ont été censurées pour éviter une classification erronée due aux changements dans les politiques de test COVID.

Population étudiée

Nous avons défini trois cohortes de COVID-19 non mutuellement exclusives : (1) tous les cas de COVID-19, (2) les premières infections par le SRAS-CoV-2 et (3) les réinfections par le SRAS-CoV-2 – et deux comparateurs de tests négatifs. cohortes : (1) premiers/premiers tests négatifs pour le SRAS-CoV-2 et (2) tous les tests négatifs pour le SRAS-CoV-2.

Les cas de COVID-19 ont été identifiés à l’aide de tests positifs pour l’antigène SARS-CoV-2 et de RT-PCR, en utilisant la date du test comme date d’index. Le COVID-19 a été défini comme une infection sans enregistrement d’infection par le SRAS-CoV-2 au cours des 42 jours précédents. Les premières infections ont été définies comme des infections par le SRAS-CoV-2 sans aucun antécédent de COVID-19. Les réinfections ont été définies comme des infections par le SRAS-CoV-2 qui n’ont pas été identifiées comme une première infection.

Les deux cohortes de comparaison aux tests négatifs ont été identifiées à l’aide de tests négatifs pour l’antigène SARS-CoV-2 et de RT-PCR, en utilisant la date du test comme date d’index. Les personnes incluses dans ces cohortes devaient avoir un résultat négatif au test SARS-CoV-2 sans diagnostic clinique de COVID-19 ni résultat positif au test SARS-CoV-2 avant la date d’indexation et jusqu’à 120 jours après la date d’indexation. Les tests négatifs pour le SRAS-CoV-2 ont été définis comme des enregistrements d’un test négatif sans enregistrement d’un test négatif préalable 42 jours avant la date d’indexation (similaire à la définition utilisée pour les cas de COVID-19). Premièrement, les tests négatifs au SRAS-CoV-2 ont été définis comme des tests négatifs au SRAS-CoV-2 sans aucun antécédent de test négatif. Les listes de concepts utilisées pour définir le COVID-19 et les cohortes de tests négatifs sont disponibles sur https://github.com/oxford-pharmacoepi/LongCOVIDWP1A.

Toutes les cohortes comprenaient des individus âgés de ≥ 18 ans avec ≥ 180 jours de visibilité des données disponibles avant la date d’indexation. Les personnes ayant reçu un diagnostic clinique de grippe ou un résultat de test positif pour la grippe 42 jours avant ou à la date d’indexation ont été exclues. Afin de garantir un suivi suffisant pour évaluer les symptômes post-aigus du COVID-19 et réduire les biais de survie, nous avons inclus uniquement les individus avec ≥ 120 jours de suivi, c’est-à-dire avec une date d’index ≥ 120 jours avant la fin de la disponibilité des données. Toutes les cohortes ont été suivies jusqu’à la survenue du premier événement d’intérêt, décès, nouvelle infection par le SRAS-CoV-2 ou enregistrement d’un diagnostic clinique de COVID-19, infection grippale (résultat de test positif ou diagnostic clinique), un an de suivi -up ou fin de disponibilité des données. Au SIDIAP, les cohortes ont également été censurées le 28 mars 2022, les directives nationales ne recommandant plus de tester tous les cas suspects de COVID-19 après cette date.

Symptômes post-aigus du COVID-19

Nous avons identifié les symptômes post-aigus du COVID-19 inclus dans la définition de cas clinique de l’OMS de « condition post-COVID-19 »⁷ sur la base des codes SNOMED dans les ensembles de données respectifs cartographiés OMOP CDM. Vingt-cinq symptômes ont été inclus : douleurs abdominales, allergie, altération de l’odorat et/ou du goût, anxiété, vision floue, douleur thoracique, dysfonctionnement cognitif, toux, dépression, étourdissements, dyspnée, fatigue ou malaise, problèmes gastro-intestinaux (reflux acide, constipation, ou diarrhée), maux de tête, fièvre intermittente, douleurs articulaires, problèmes de mémoire, problèmes menstruels, spasmes ou douleurs musculaires, névralgies, sensations de fourmillements, fatigue post-effort, troubles du sommeil, tachycardie et acouphènes et problèmes d’audition. Des listes de codes distinctes ont été élaborées pour chaque symptôme et examinées indépendamment par trois cliniciens (https://github.com/oxford-pharmacoepi/LongCOVIDWP1A). Des contrôles de qualité ont été effectués pour identifier systématiquement les codes manquants (package CohortDiagnostics R)²⁹.

La définition de l’OMS a ensuite été adaptée pour identifier les symptômes post-aigus du COVID-19 dans les données de soins primaires. Le long COVID a été défini comme ayant au moins un enregistrement de l’un des symptômes prédéfinis entre 90 et 365 jours après la date de l’infection par le SRAS-CoV-2 et aucun enregistrement de ce symptôme 180 jours avant la date d’index. Cette fenêtre de sevrage de 180 jours avant la date d’indexation a été incluse pour réduire les erreurs de classification des symptômes préexistants, par exemple l’anxiété, qui ont été réenregistrées après la date d’indexation. La figure S1 illustre l’algorithme.

Pour les cohortes au test négatif, nous avons ancré l’algorithme à la date du test négatif pour comparer la proportion de personnes présentant des symptômes. Dans les analyses de sensibilité, nous avons également signalé un « COVID-19 symptomatique continu ».³⁰défini comme ayant au moins un enregistrement de l’un des symptômes ≥28 jours après la date d’indexation.

analyses statistiques

Nous avons développé un code analytique commun, qui a ensuite été exécuté localement dans OMOP CDM cartographié CPRD AURUM et SIDIAP, respectivement. Tous les résultats sont rapportés séparément par base de données. Nous avons décrit et comparé les caractéristiques de base (tranches d’âge [≤34, 35–49, 50–64, 65–79 and ≥80]sexe, heure du calendrier [trimester, waves]statut vaccinal contre la COVID-19 [unvaccinated and number of vaccine doses received]et comorbidités) pour les personnes infectées par le SRAS-CoV-2 et les cohortes de comparaison aux tests négatifs. Nous avons comparé la proportion de personnes présentant des symptômes post-aigus de la COVID-19 (≥90 et ≥28 jours) dans les cinq cohortes. Nous avons calculé les taux d’incidence mensuels pour 100 000 années-personnes pour le COVID-19 et les symptômes post-aigus du COVID-19 dans la population générale (c’est-à-dire toutes les personnes figurant dans la base de données sans enregistrement de symptômes post-aigus du COVID-19) et parmi les personnes atteintes du COVID. -19.

Pour comprendre lesquels des symptômes prédéfinis seraient les plus différentiels en cas de COVID long, nous avons comparé les personnes infectées par le SRAS-CoV-2 et les témoins négatifs (premiers tests négatifs et tout test négatif, respectivement) par groupe d’âge de 5 ans, sexe. (femme, homme), test SARS-CoV-2 (antigène ou PCR) et semaine d’indexation (rapport 1:3). Les ratios de taux avec des intervalles de confiance de 95 % pour chaque symptôme sont présentés dans des parcelles forestières. De la même manière, nous avons comparé les personnes ayant subi une première infection et des réinfections (rapport 3 : 1) et comparé les ratios de taux pour les symptômes post-aigus du COVID-19 à ≥90 et ≥28 jours.

Les analyses ont été effectuées localement conformément à toutes les lois applicables sur la confidentialité des données. Les analyses ont été réalisées sous R (version 4.3.1). Tout le code analytique est disponible sur https://github.com/oxford-pharmacoepi/LongCOVIDWP1A.

Implication des patients et du public

Un représentant des patients et du public a participé à la planification du projet global et a aidé à contextualiser les résultats de l’étude en utilisant le point de vue de leurs patients.

Approbation éthique

L’étude a été approuvée par les comités d’examen des institutions concernés : le processus de gouvernance des données de recherche du CPRD (protocole n° 21_000557), le comité d’éthique de la recherche clinique de la Fundació Institut Universitari per a la recerca a l’Atenció Primària de Salut Jordi Gol i Gurina (IDIAPJGol ) (numéro d’homologation 4R22/133). Aucun consentement éclairé des individus n’était requis car l’étude utilisait uniquement des données secondaires.

Résumé du rapport

De plus amples informations sur la conception de la recherche sont disponibles dans le résumé du rapport sur le portefeuille Nature lié à ce…