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Début mars, le Dr Blake Hanson et ses collègues du le Texas Epidemic Public Health Institute se préparait à une sorte d’exercice d’incendie.
Et si un virus susceptible de déclencher la prochaine pandémie apparaissait dans les eaux usées qu’ils surveillent ? Et si ce virus était la grippe aviaire, H5N1, qui a tué des millions d’animaux et environ la moitié des quelque 900 personnes qu’elle a infectées dans le monde au cours des deux dernières décennies ?
Ils ont joué à cet exercice de simulation un lundi. Jeudi de la même semaine, le collègue de Hanson, le Dr Michael Tisza, virologue moléculaire et microbiologiste au Baylor College of Medicine de Houston, tirait la sonnette d’alarme.
Cette fois, ce n’était pas un exercice.
« Mike m’a appelé et m’a dit : ‘Hé, je pense que je l’ai trouvé' », a déclaré Hanson, épidémiologiste à l’UTHealth Houston qui utilise les méthodes du Big Data et la génomique pour enquêter sur les maladies infectieuses.
C’était le 7 mars, environ trois semaines avant que le ministère américain de l’Agriculture n’annonce que le virus H5N1 était présent. bovins laitiers infectés au Texas pour la première fois.
Au cours des deux dernières années, alors que l’idée d’échantillonner les systèmes d’égouts pour détecter le virus responsable du Covid-19 et d’autres agents pathogènes s’est répandue dans tout le pays, le Texas Epidemic Public Health Institute – ou TEPHI – a adopté une approche différente.
Plutôt que de rechercher uniquement des virus spécifiques, les chercheurs ont décidé d’utiliser des techniques et des ordinateurs avancés pour passer au crible la vaste soupe de matériel génétique contenue dans leurs échantillons d’eaux usées. Ce faisant, ils sont capables de trouver les virus qu’ils s’attendent à voir ainsi que ceux qu’ils ne savent pas rechercher.
« Nous pouvons capturer tous les virus connus présents dans l’échantillon, puis l’équipe informatique analysera les données de manière exhaustive et détectera les signaux de nombreux virus, et c’est l’avantage, je pense, de ce que nous faisons par rapport à d’autres sites. » a déclaré le Dr Anthony Maresso, virologue moléculaire et microbiologiste au Baylor College of Medicine de Houston, qui a imaginé le système.
Au moins deux autres organisations ont également recherché des signes de H5N1 dans les eaux usées.
Le réseau WastewaterSCAN, dirigé par chercheurs des universités Stanford et Emory et Verily, récemment a publié une prépublication étude montrant qu’il pouvait détecter le virus H5N1 dans les eaux usées en recherchant une partie spécifique du virus.
En plus de ces premières données, l’équipe a depuis testé trois systèmes d’égouts supplémentaires : un en Caroline du Nord, à proximité d’une épidémie connue de bétail H5N1, un dans une ville de Californie qui connaissait un nombre anormalement élevé de cas de grippe humaine A et un dans une ville. à Hawaï, où il n’existe aucune usine de transformation de produits laitiers et aucun cas connu de grippe aviaire hautement pathogène. Dans chaque cas, le test a correctement exclu ou exclu les infections par le virus H5N1. Le succès a été tel que WastewaterSCAN prévoit de commencer à utiliser le test sur les 190 sites de traitement des eaux usées qu’il surveille.
Les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis ont également récemment lancé un tableau de bord montrant les sites où les virus de la grippe A sont détectés à des niveaux inhabituellement élevés.
Le H5N1 est une souche A du virus de la grippe, comme certains types de grippe saisonnière. Détecter les souches A maintenant, pendant l’intersaison, est un indicateur raisonnable du H5N1, a déclaré Maresso, mais ce sera une approche moins utile lorsque la grippe saisonnière réapparaîtra en hiver.
Le système TEPHI, en revanche, pourrait servir de première alerte pour de nouveaux virus, le Saint Graal de la prévention des pandémies. Depuis que l’équipe a commencé la surveillance en 2022, elle a trouvé plus de 400 virus dans les eaux usées du Texas.
Contrairement au prélèvement des sécrétions corporelles d’une personne ou d’une vache, la surveillance des eaux usées est passive et ne dépend pas de l’obtention d’une autorisation pour effectuer un test ou de la venue d’une personne dans une clinique ou une salle d’urgence, soins qui peuvent être hors de portée. fermiers. Les chercheurs obtiennent des données chaque fois que quelqu’un tire la chasse d’eau ou peut-être lorsque les systèmes d’épuration traitent les déchets agricoles, comme l’élimination autorisée du lait jeté.
Le plus gros inconvénient de la surveillance des eaux usées est qu’il est difficile d’identifier la source de l’agent pathogène.
Depuis le 4 mars, date de l’échantillon dans lequel le H5N1 a été détecté pour la première fois par le groupe TEPHI, les chercheurs l’ont trouvé partout dans l’État, dans les eaux usées de neuf villes du Texas. et dans 19 des 23 sites qu’ils surveillent. Ils n’ont pas nommé les villes qu’ils ont testées dans l’étude, mais ont déclaré avoir informé les autorités locales de santé publique et le CDC. sur leurs résultats.
Leurs conclusions ont été publiées récemment sous forme de étude de prépublicationavant un examen minutieux par des experts extérieurs.
« Nous ne savons pas vraiment d’où cela vient », a déclaré le Dr Eric Boerwinkle, doyen de l’École de santé publique de l’UTHouston et directeur du TEPHI.
« Nous pouvons tous deviner, et certaines personnes ont leurs idées préférées », a-t-il déclaré, soulignant que le Texas se trouve sur le chemin de deux voies de migration majeures pour les oiseaux migrateurs et possède une importante industrie agricole qui comprend des oiseaux et des vaches d’élevage.
Mais le H5N1 ravage les troupeaux d’oiseaux sauvages et d’élevage commercial aux États-Unis depuis 2022, lorsque l’équipe a commencé à surveiller les eaux usées, et ils ne l’ont vu dans aucun de leurs échantillons jusqu’à présent.
« Certes, quelque chose qui est différent maintenant », a déclaré Tisza, « c’est que il infecte généralement les vaches laitières.
Seulement une personne a été testé positif au H5N1 en lien avec l’épidémie bovine. Cette personne, un ouvrier agricole qui a eu des contacts étroits avec des vaches infectées et qui a développé un cas grave de conjonctiviteou une rougeur et un gonflement des yeux, mais pas de problèmes respiratoires ou congestion. Il a été traité avec des médicaments antiviraux et s’est rétabli, ont indiqué les responsables de la santé publique.
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Le CDC affirme que le risque actuel pour la santé publique est faible, mais il surveille de près la situation.
La FDA a récemment testé 297 échantillons de produits laitiers achetés dans des épiceries à travers le pays. En élargi résultats de test Publié lundi, l’agence a indiqué qu’elle avait trouvé des échantillons positifs à des fragments morts du virus de la grippe aviaire H5N1 dans 15 des 38 États où les produits étaient transformés. Environ 1 échantillon sur 5 présentait des traces du virus, ce qui indique que l’épidémie pourrait être plus répandue qu’on ne le pensait auparavant.
Maresso de TEPHI dit qu’ils ne peuvent pas exclure que ce qu’ils voient soit un virus provenant du lait versé dans les égouts ou même des infections humaines asymptomatiques. Il note qu’ils ne constatent pas d’augmentation des cas de grippe dans les hôpitaux, ce qui les alerterait en cas d’infections graves.
« Ce serait peut-être un casse-tête plus facile à résoudre s’il ne s’agissait que d’un ou deux sites et que nous avions des laiteries ou d’autres usines de transformation juste à côté de l’usine d’où nous échantillonnons. Cela expliquerait les choses. mais nous avons essentiellement détecté le signal dans presque tous les sites et certainement dans toutes les villes jusqu’à présent », a déclaré Maresso – même dans les grandes villes de l’État qui ne sont pas proches des fermes laitières.
En ce qui concerne la direction de l’épidémie au Texas, si elle s’aggrave ou si elle disparaît, dit Tisza, c’est difficile à dire. Au début, a-t-il expliqué, certaines villes surveillées par son groupe ont reçu un signal du H5N1 aussi fort que celui de la grippe saisonnière au cours de l’hiver.
« Mais dans l’ensemble, cela ne représente peut-être qu’environ 25 pour cent de ce signal », a-t-il déclaré.
« En ce qui concerne la trajectoire globale, elle se situe vraiment à un plateau en ce moment. Ne pas augmenter, ne pas disparaître. C’est donc intéressant en soi », a déclaré Tisza, qui note qu’ils surveillent cela. « Et je suis sûr que vous aurez à nouveau de nos nouvelles s’il y a un pic important. »
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