EXPLICATEUR |  Transmissibilité, bizarreries et gène S : la course pour tracer la variante Omicron

Les gouvernements du monde entier parcourent de toute urgence les bases de données pour les cas récents d’infections à Covid-19, dépistent les voyageurs et décodent les génomes viraux de la nouvelle variante alors qu’ils tentent de mesurer l’étendue de sa propagation. Le rythme des travaux met en évidence la pression sur les gouvernements et les autorités de santé publique pour décider rapidement s’ils doivent prendre des mesures impopulaires et économiquement dommageables pour freiner la propagation d’Omicron.

Circulé

Les données montrent qu’il circulait avant qu’il ne soit officiellement identifié en Afrique australe la semaine dernière et qu’il a depuis été détecté dans plus d’une douzaine de pays. Les travaux pour déterminer s’il est plus infectieux, mortel ou s’il échappe aux vaccins prendront des semaines.

La Grande-Bretagne et d’autres grandes économies ont interdit les vols à destination et en provenance de l’Afrique australe quelques jours seulement après la première détection de la variante, bouleversant les marchés financiers mondiaux et suscitant des inquiétudes quant aux dommages économiques.

La vitesse de l’action contraste fortement avec l’émergence d’autres variantes – lorsque les premiers échantillons de la variante Alpha ont été documentés en Grande-Bretagne en septembre 2020, le gouvernement a passé des mois à rassembler des données et à évaluer son danger potentiel avant d’imposer un verrouillage national en décembre. .

LIRE | Covid-19 SA remet en question l’interdiction de vol au Royaume-Uni au milieu de l’alarme mondiale concernant une nouvelle variante

Il a fallu des mois à l’Organisation mondiale de la santé (OMS) pour en faire une variante préoccupante – son plus haut niveau.

Peu de temps après avoir détecté son premier cas Omicron vendredi, Israël a annoncé qu’il achèterait 10 millions de kits PCR supplémentaires capables de détecter la variante dans le but de contenir sa propagation. Il a fermé samedi ses frontières aux étrangers de tous les pays.

L’Écosse et Singapour se démènent pour vérifier des dizaines de milliers de cas positifs récents à la recherche de signes de la variante qu’ils auraient pu manquer et les États-Unis renforcent leur surveillance Covid-19 pour distinguer les cas nationaux de la variante Omicron du delta encore dominant.

Le commissaire à la santé de l’Union européenne a exhorté les États membres à intensifier leurs efforts pour détecter les mutations, car certains ont encore près de deux ans de retard dans la pandémie.

Le bloc a maintenant confirmé 42 cas dans 10 pays.

« Certains États membres accusent un retard considérable sur cette dimension cruciale », a déclaré Stella Kyriakides dans une lettre consultée par Reuters aux ministres de la Santé des 27 pays de l’UE.

« Déjà confrontés à un hiver difficile en raison de la transmissibilité élevée de la variante Delta (…) nous pouvons maintenant subir des pressions supplémentaires ou supplémentaires en raison de l’apparition de la variante Omicron », a-t-elle écrit.

Le gène S

La plupart des tests PCR ne peuvent pas distinguer Omicron de la variante Delta, la version dominante et la plus infectieuse du virus à ce jour.

Pour distinguer Omicron de Delta, le test PCR doit être capable d’identifier une mutation dans Omicron connue sous le nom d’abandon du gène S ou d’échec de la cible du gène S (SGTF).

Ce n’est pas une sécurité intégrée car la variante Alpha, identifiée pour la première fois en Grande-Bretagne, possède également cette mutation.

Étant donné qu’Alpha ne circule plus largement, la présence de l’abandon du gène S suggère que l’échantillon est positif pour Omicron et alerte le laboratoire d’envoyer l’échantillon pour le séquençage du génome pour confirmation.

Si les tests PCR locaux ne peuvent pas identifier cette mutation, des échantillons d’écouvillons PCR sélectionnés au hasard doivent subir un séquençage du génome, ce qui peut prendre jusqu’à une semaine.

L’OMS a déclaré que des tests largement disponibles sont capables de détecter les individus infectés par n’importe quelle variante, y compris Omicron.

Cependant, il n’a jusqu’à présent recommandé que le test TaqPath produit par la société américaine Thermo Fisher comme proxy.

Il n’est pas clair si les pays achèteront des kits en raison de la caractéristique unique du test. Singapour envisage d’en acheter davantage, bien qu’aucune décision n’ait encore été prise, a déclaré à Reuters Kenneth Mak, directeur des services médicaux du ministère de la Santé.

Thermo Fisher s’est dit prêt à augmenter la production pour répondre à la demande des pays d’Afrique et d’ailleurs alors qu’ils s’efforcent de suivre la propagation de la nouvelle variante.

Moins d’un jour après l’identification de la variante, Israël a commencé à rechercher le S-Gene dans tous les tests positifs effectués sur des voyageurs arrivant au principal aéroport Ben Gourion, a déclaré au Parlement la responsable de la santé publique d’Israël au ministère de la Santé, Sharon Alroy-Preis. Dimanche.

Désormais, ses laboratoires surveillent cette mutation dans tous les tests à l’échelle nationale et lorsqu’un test PCR positif indique SGTF, l’échantillon est prélevé pour un séquençage supplémentaire, a déclaré le ministère de la Santé.

La plupart des laboratoires américains utiliseront le test TaqPath, a déclaré à Reuters Scott Becker, directeur général de l’Association of Public Health Laboratories (APHL), un réseau de laboratoires de santé publique d’État et municipaux.

Quriks

Sur les 150 000 tests positifs remontant à un mois évalués en Belgique, 47 avaient un abandon du gène S et une charge virale élevée. Un seul d’entre eux était Omicron, selon Marc Van Rast, l’un des virologues qui ont analysé les échantillons.

Les autorités écossaises ont effectué des prélèvements jusqu’au 1er novembre pour aider à découvrir neuf cas d’Omicron, tous liés au même événement.

Ils ont découvert que vers le 16 novembre, l’échec de la cible du gène S avait recommencé à apparaître dans les tests, une semaine avant que l’Afrique du Sud et le Botswana n’identifient la nouvelle variante. Cette fonctionnalité a aidé à diriger le séquençage génomique, comme elle l’a fait lors de l’émergence d’Alpha.

« C’est l’une des bizarreries de cette variante particulière que nous pouvons utiliser à notre avantage », a déclaré lundi Gregor Smith, le médecin-chef de l’Écosse.

Cela signifie que le gouvernement peut commencer à estimer la prévalence de la nouvelle variante, identifier les personnes qui pourraient avoir besoin de se faire tester à nouveau et quels échantillons doivent être priorisés pour un décodage plus poussé en laboratoire, a déclaré Smith.

« C’est la meilleure méthode que nous ayons pour être en mesure d’identifier les cas à ce stade. »

Toutes les actualités du site n'expriment pas le point de vue du site, mais nous transmettons cette actualité automatiquement et la traduisons grâce à une technologie programmatique sur le site et non à partir d'un éditeur humain.