eDNA aide à analyser les défis auxquels le saumon est confronté lors de la navigation en mer

De nouvelles recherches montrent que les scientifiques du saumon peuvent désormais collecter et analyser l’ADN environnemental pour mieux comprendre l’écosystème dans lequel le saumon navigue en mer.

Le saumon du Pacifique passe la majeure partie de sa vie en haute mer, mais on ne sait pas grand-chose sur le nombre de défis de survie auxquels il est confronté lorsqu’il navigue dans les eaux. Une nouvelle étude sur l’eDNA montre la distribution des saumons et des organismes clés avec lesquels ils partagent les mers. Ceux-ci incluent leurs proies, leurs prédateurs et leurs concurrents.

La survie du saumon est généralement un sujet de recherche peu commun, en raison des difficultés de collecte de données sur le saumon. Les études réalisées grâce à l’utilisation de l’eDNA ont maintenant changé cela.

« Il nous manquait la moitié de nos points de données avec les engins conventionnels, mais avec l’eDNA, il reste assez longtemps pour que nous puissions les détecter même pendant la journée. Et donc, encore une fois, avec l’eDNA, nous pouvons combler les lacunes des enquêtes conventionnelles dans ce type de scénario », a déclaré Christoph Deeg, chercheur au sein de l’équipe Salmon Health de la Pacific Salmon Foundation et auteur principal de l’étude.

L’ADN environnemental, également connu sous le nom d’ADNe, est libéré d’un organisme dans l’environnement par les matières fécales, les muqueuses, les gamètes, la peau perdue, les cheveux et les carcasses. Pour cette raison, les scientifiques utilisent maintenant la technologie de pointe pour expliquer les défis auxquels le saumon est confronté en eau libre.

Avant l’utilisation de l’eDNA, il était généralement courant de capturer des saumons la nuit à l’aide de chaluts ordinaires. Pendant la nuit, les saumons se rapprochent de la surface, c’est-à-dire lorsque le filet est utilisé pour les attraper. Mais pendant la journée, ils descendent 400 mètres au fond de l’océan pour se cacher des concurrents. Désormais, il est facile de les détecter aux mêmes taux de jour comme de nuit.

« Lorsque nous utilisions des méthodes conventionnelles (chaluts), nous n’attrapions jamais de saumon pendant la journée. Avec eDNA, nous pouvons en quelque sorte combler ces lacunes que les enquêtes conventionnelles ont dans ce genre de scénario », a déclaré Deeg.

La technologie d’échantillonnage de l’eDNA progresse rapidement. Selon Deeg, ils utilisent désormais des robots petits et efficaces capables de collecter automatiquement des échantillons et de les conserver.

« Maintenant, les robots sont à une taille où nous pouvons réellement les mettre sur des planeurs et d’autres véhicules télécommandés afin qu’à l’avenir nous n’ayons plus besoin d’envoyer un bateau avec un équipage là-bas. C’est à la fois super complexe et prend une énorme somme d’argent. Avec un parapente, c’est super bon marché.

L’un des principaux problèmes traités au cours du processus de recherche est la contamination. La contamination provient de toutes sortes de sources, mais elle est surtout associée aux activités humaines. Selon Deeg, il a pu détecter des espèces qui ne sont manifestement pas présentes dans l’océan. Certaines de ces espèces comprennent les vaches et les porcs.

L’eDNA devient un outil essentiel pour explorer la survie des saumons. Il peut être très difficile d’attraper du saumon en eau libre, surtout en hiver. Avec eDNA, vous pouvez presque toujours prélever un échantillon d’eau, quelle que soit l’état de la mer.

« eDNA est génial parce que je peux voir l’ensemble de l’écosystème. D’autres chercheurs qui travaillent sur le plancton ne voient que le plancton. Les chercheurs qui travaillent sur les baleines ne voient que les baleines. Je peux tout voir et comment cela s’emboîte grâce à l’eDNA », a déclaré Deeg.

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