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Alors que les analyses nationales des eaux usées se développent, des chercheurs du Texas identifient la grippe aviaire dans neuf villes

Alors que les responsables de la santé se tournent de plus en plus vers l’analyse des eaux usées comme moyen de suivi Face à la propagation de la grippe aviaire H5N1 parmi les troupeaux laitiers américains, certains chercheurs soulèvent des questions sur l’efficacité des analyses des eaux usées.

Bien que les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis affirment que les tests actuels sont standardisés et permettront de détecter la grippe aviaire, certains chercheurs ont exprimé leur scepticisme.

« À l’heure actuelle, nous utilisons ce type de tests à grande échelle » pour détecter les virus de la grippe A dans les eaux usées, a déclaré l’épidémiologiste Denis Nash, faisant référence à une catégorie de virus qui comprend la grippe humaine normale et la grippe aviaire qui circule chez les bovins laitiers et les oiseaux sauvages. et la volaille domestique.

« Il est possible qu’il y ait certaines régions du pays où les amorces utilisées dans ces tests… ne fonctionnent pas pour le H5N1 », a déclaré Nash, professeur distingué d’épidémiologie et directeur exécutif de l’Institut pour la science de mise en œuvre dans la population de la City University de New York. Santé.

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La raison en est que les tests les plus couramment utilisés – les tests de réaction en chaîne par polymérase, ou PCR – sont conçus pour détecter le matériel génétique d’un organisme spécifique, comme un virus de la grippe.

Mais pour qu’ils puissent identifier le virus, ils doivent être « préparés » à savoir ce qu’ils recherchent. Selon la partie du virus recherchée par les chercheurs, il se peut qu’ils ne parviennent pas à identifier le sous-type de la grippe aviaire.

Il existe deux virus grippaux humains courants : H1N1 et H3N2. Le « H » signifie hémagglutinine, qui est une protéine identifiable du virus. Le « N » signifie neuraminidase.

La grippe aviaire, quant à elle, est également un virus de la grippe A. Mais il possède le sous-type H5N1.

Cela signifie que même si les virus de la grippe humaine et aviaire partagent le signal N1, ils ne partagent pas le signal H.

Si un test est conçu pour rechercher uniquement les indicateurs H1 et H3 du virus de la grippe A, il ne détectera pas la grippe aviaire.

Marc Johnson, professeur de microbiologie moléculaire et d’immunologie à l’Université du Missouri, a déclaré qu’il ne pensait pas que ce soit très probable. Il a déclaré que les panels génériques utilisés par la plupart des laboratoires captureront H1, H3 et H5.

Il a déclaré que, tandis que son laboratoire recherchait spécifiquement H1 et H3, « je pense que nous sommes peut-être les seuls à faire cela ».

Ce n’est qu’au cours des dernières années que les autorités sanitaires ont commencé à utiliser les eaux usées comme sentinelle pour la santé communautaire.

Alexandria Boehm, professeur de génie civil et environnemental à l’Université de Stanford et chercheuse principale et directrice de programme pour Eaux uséesSCAN, a déclaré que la surveillance des eaux usées avait vraiment démarré pendant la pandémie. Il est devenu courant de rechercher des centaines, voire des milliers de virus et autres agents pathogènes dans les eaux usées municipales.

« Il y a trois ou quatre ans, personne ne le faisait », a déclaré Boehm, qui collabore avec un réseau de chercheurs dans des laboratoires de Stanford, de l’Université Emory et de l’organisation de recherche en sciences de la vie d’Alphabet Inc. « Cela a en quelque sorte évolué en réponse à la pandémie et a continué d’évoluer. »

Depuis fin mars, lorsque la grippe aviaire a été signalée pour la première fois chez des bovins laitiers du Texas, les chercheurs et les responsables de la santé publique ont passé au peigne fin des échantillons d’eaux usées. La plupart utilisent les tests de détection de la grippe A qu’ils ont déjà intégrés à leurs systèmes, dont la plupart ont été conçus pour détecter les virus de la grippe humaine et non la grippe aviaire.

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Mardi, le CDC a publié son propre tableau de bord montrant les sites de traitement des eaux usées où il a détecté la grippe A au cours des deux dernières semaines.

Sur un réseau de plus de 650 sites à travers le pays, il n’y avait que trois sites – en Floride, dans l’Illinois et au Kansas – où les niveaux de grippe A étaient considérés comme suffisamment élevés pour justifier une enquête plus approfondie de l’agence. Il y en avait plus de 400 pour lesquels les données étaient insuffisantes pour permettre une détermination.

Jonathan Yoder, directeur adjoint de la Division de préparation et d’innovation en matière de maladies infectieuses du CDC, a déclaré que ces sites étaient considérés comme disposant de données insuffisantes parce que les tests n’étaient pas en place depuis assez longtemps, ou qu’il n’y avait peut-être pas suffisamment d’échantillons positifs pour la grippe A à inclure.

Lorsqu’on lui a demandé si certains des tests utilisés pourraient ne pas détecter la grippe aviaire en raison de la façon dont ils ont été conçus, il a répondu : « Nous n’avons aucune preuve de cela. Il semble que nous soyons à un niveau suffisamment large pour ne pas « Nous n’avons aucune preuve que nous ne récupérerions pas H5. »

Il a également déclaré que les tests étaient standardisés sur l’ensemble du réseau.

« Je suis presque sûr que c’est le même test qui est utilisé sur tous les sites », a-t-il déclaré. « Ils sont tous basés sur… ce que le CDC a publié comme test clinique pour la grippe A, donc c’est basé sur des tests cliniques. »

Mais il existe des divergences entre les conclusions du CDC et celles des autres.

Plus tôt cette semaine, une équipe de scientifiques du Baylor College of Medicine, du Health Science Center de l’Université du Texas à Houston, du Texas Epidemic Health Institute et de l’El Paso Water Utility, a publié un rapport montrant des niveaux élevés de grippe aviaire provenant des eaux usées dans neuf villes du Texas. Leurs données montrent que le H5N1 est la forme dominante de grippe A tourbillonnant dans les eaux usées de ces villes du Texas.

Mais contrairement à d’autres équipes de recherche, dont le CDC, ils ont utilisé une approche « agnostique » connue sous le nom de séquençage par capture hybride.

« Il ne s’agit donc pas simplement de cibler un virus ou un virus parmi plusieurs », comme c’est le cas avec les tests PCR, a déclaré Eric Boerwinkle, doyen de l’école de santé publique UTHealth Houston et membre de l’équipe du Texas. « Nous sommes en fait dans un mélange très complexe, qui est constitué d’eaux usées, qui éliminent les virus et les séquencent. »

« Ce qui est crucial ici, c’est que c’est très spécifique au H5N1 », a-t-il déclaré, soulignant qu’ils effectuaient ce type de tests depuis environ deux ans et qu’ils n’avaient jamais vu le H5N1 avant la mi-mars.

Blake Hanson, professeur adjoint au Centre des sciences de la santé de l’Université du Texas à la Houston School of Public Health et membre de l’équipe des eaux usées du Texas, est d’accord, affirmant que les méthodes basées sur la PCR sont « exquises » et « très précises ».

« Mais nous avons la capacité d’examiner la représentation du génome entier, pas seulement un composant marqueur de celui-ci. Cela nous a donc permis d’examiner le H5N1, de le différencier de certains de nos fluides saisonniers comme le H1N1 et le H3N2 », a-t-il déclaré. dit. « C’est ce qui nous a donné une grande confiance dans le fait qu’il s’agit entièrement du H5N1, alors que d’autres articles utilisent une partie du gène H5 comme marqueur du H5. »

Boerwinkle et Hanson ont souligné que même s’ils pouvaient identifier le H5N1 dans les eaux usées, ils ne pouvaient pas déterminer d’où il provenait.

« Le Texas est en réalité un confluent de plusieurs voies de migration différentes pour les oiseaux migrateurs, et le Texas est également un État agricole, malgré ses villes assez grandes », a déclaré Boerwinkle. « Il est probablement exact que si vous deviez investir votre argent et parier sur ce qui se passait, cela ne proviendrait probablement pas d’une seule source, mais de plusieurs sources. Nous n’avons aucune raison de penser qu’une source est plus susceptible d’être l’une de ces choses. »

Mais ils sont convaincus que cela ne vient pas des gens.

« Parce que nous examinons l’intégralité du génome, lorsque nous examinons le seul cas humain de H5N1, la séquence génomique… présente un changement caractéristique des acides aminés… par rapport à tous les bovins du même moment », dit Hanson. « Nous ne voyons cet acide aminé caractéristique présent dans aucune de nos données de séquençage. Et nous l’avons examiné très attentivement, ce qui nous donne une certaine confiance dans le fait que nous ne constatons pas de transmission interhumaine. »

L’approche de l’équipe du Texas était vraiment passionnante, a déclaré Devabhaktuni Srikrishna, PDG et fondateur de PatientKnowHow.com, soulignant qu’elle présentait une « preuve de principe » pour l’utilisation de ce type de protocole de test métagénomique pour les eaux usées et l’air.

Il a déclaré que les agences gouvernementales, les entreprises privées et les universitaires recherchaient un moyen fiable de tester des milliers d’organismes microscopiques – tels que des agents pathogènes – de manière rapide, fiable et à faible coût.

« Ils ont montré que c’était possible », a-t-il déclaré.

Cette histoire a été initialement publiée dans Los Angeles Times.


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