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Des pics de virus de la grippe A observés ce printemps dans des échantillons d’eaux usées provenant de 59 réseaux d’égouts dans 18 États différents pourraient indiquer la propagation du virus de la grippe aviaire H5N1 qui infecte actuellement les bovins laitiers, suggère une nouvelle étude.
Jusqu’à présent, le ministère américain de l’Agriculture a signalé plus de 30 troupeaux de vaches laitières infectés par la grippe H5N1 dans neuf États. Mais des questions se posent quant à l’ampleur de l’épidémie et à la capacité des États-Unis à la suivre de manière adéquate.
Lors d’une conférence de presse la semaine dernière, les responsables de l’USDA ont admis qu’il était difficile d’amener les producteurs de lait à les laisser tester l’infection. Des tests récents sur du lait acheté dans les épiceries ont révélé la présence de matériel génétique provenant du virus H5N1 1 échantillon sur 5 testébien que des tests plus approfondis aient montré que les fragments de virus détectés dans le lait n’étaient pas infectieux.
La semaine dernière, lors d’une conférence de presse multi-agences sur la réponse du gouvernement à la propagation du virus, le Dr Nirav Shah, directeur adjoint principal des Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis, a déclaré que l’agence étudiait s’il serait possible d’utiliser eaux usées pour identifier les zones où le virus se propage. Premièrement, a-t-il déclaré, les scientifiques devraient développer un test capable de distinguer la grippe H5 de la plus grande soupe de virus grippaux de souche A en circulation.
Aujourd’hui, des scientifiques d’Emory, Stanford et Verily Life Sciences, un organisme de recherche affilié au réseau WastewaterSCAN qui surveille un vaste réseau d’usines de traitement des eaux usées à travers les États-Unis, affirment avoir réussi.
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L’analyse des eaux usées est un moyen passif de suivre la propagation des infections. Cela ne dépend pas du fait que des personnes ou des animaux soient prélevés pour tester la présence d’agents pathogènes. Au lieu de cela, des preuves s’écoulent dans les eaux usées chaque fois que l’on tire la chasse d’eau ou que quelqu’un jette des matériaux dans les égouts.
Sur 190 stations d’épuration qui surveillent actuellement les échantillons de boues pour détecter la grippe A, 59 ont constaté une augmentation des virus de la souche A ce printemps, tout comme les cas de grippe humaine stagnaient ou diminuaient. Les experts en eaux usées se sont demandé si cela pouvait provenir du H5N1, une infection hautement pathogène de la grippe aviaire chez les bovins laitiers ou d’autres animaux.
L’équipe WastewaterSCAN a développé un test pour vérifier le gène H5 du virus de la grippe et l’a utilisé sur des échantillons stockés provenant de réseaux d’égouts proches des zones du Texas où les bovins laitiers avaient été testés positifs, mais sans inclure les eaux usées provenant directement des fermes.
L’équipe a mesuré à la fois un marqueur génétique des virus grippaux A et des marqueurs génétiques spécifiques aux virus H5.
Alors que les niveaux du marqueur des virus grippaux A ont commencé à augmenter début mars, les marqueurs des virus H5 ont commencé à augmenter en tandem. La concentration du gène H5 dans les échantillons était presque aussi élevée que la concentration globale des virus de la grippe A, ce qui suggère qu’une grande partie des virus présents dans les échantillons étaient H5N1.
De plus, les concentrations de virus de la grippe A mesurées dans ces échantillons de boues d’épuration provenant de la région d’Amarillo, au Texas, étaient « parmi les plus élevées jamais mesurées dans les eaux usées », note l’étude.
Les échantillons de boues stockées testés pour l’étude ont été prélevés entre le 4 février et le 16 avril sur deux sites de stations d’épuration du bassin versant de la ville d’Amarillo et dans une troisième station d’épuration des eaux usées du comté de Dallas. Les chercheurs ont confirmé que les usines de traitement des eaux usées échantillonnées dans la région d’Amarillo permettaient à certains producteurs d’éliminer des sous-produits animaux, notamment du lait provenant de laiteries, ce qui peut expliquer les concentrations élevées de virus grippaux A et de virus H5 dans leurs échantillons.
Tout comme les analyses des eaux usées se sont révélées être un signe avant-coureur d’une augmentation des infections à Covid-19 dans le passé, les chercheurs affirment que leur étude suggère qu’elles pourraient également constituer un signe avant-coureur d’épidémies de grippe aviaire chez les animaux de ferme.
« Nous avons détecté le marqueur H5 juste avant la confirmation de la grippe aviaire hautement pathogène dans ces comtés », a déclaré le Dr Alexandria Boehm, professeur de génie civil et environnemental à l’Université de Stanford.
«Je pense que c’est super intéressant. Cela signifie que les eaux usées dans ce cas particulier, contenant cet agent pathogène particulier, peuvent révéler des informations sur ce qui circulait chez ces bovins avant que ces informations ne soient accessibles au public », a déclaré Boehm.
Le papier était publié en prépublication sur le serveur BioRxiv, avant un examen rigoureux par des experts externes. Les chercheurs affirment travailler à sa publication dans une revue scientifique.
Les auteurs de l’étude soulignent qu’aucune épidémie de H5N1 chez les vaches n’a été signalée dans aucun des bassins d’épuration qu’ils ont testés. Au lieu de cela, ils pensent que le déversement autorisé de lait est probablement à l’origine des fortes augmentations du virus H5 observées début mars.
Les chercheurs notent qu’ils ne peuvent pas exclure que le matériel génétique H5 qu’ils récupèrent dans les eaux usées provienne entièrement de bovins laitiers. Cela pourrait aussi provenir d’oiseaux ou même d’humains.
Les chercheurs affirment qu’ils ne disposent pas non plus de suffisamment d’informations pour savoir d’où proviennent les augmentations du virus de la grippe A dans plusieurs États.
« Nous ne connaissons pas la réponse à cette question. C’est quelque chose qui, je pense, doit faire l’objet d’un suivi », a déclaré Boehm.
Mais si le pic de virus provient du lait déversé ou d’autres déchets animaux dans les égouts qu’ils surveillent – et c’est quand même un gros si – cela signifie que l’épidémie est probablement beaucoup plus répandue qu’on ne le sait actuellement.
« Si les activités de l’industrie laitière dans ces bassins d’égouts sont la principale source de H5 dans les eaux usées, cela suggère qu’il pourrait y avoir des épidémies supplémentaires non identifiées parmi les bovins dont le lait est envoyé dans ces installations, car le lait des animaux infectés doit être détourné de l’approvisionnement alimentaire », » notent les auteurs de l’étude.
Mais les chercheurs affirment également que leurs résultats doivent être interprétés avec prudence. Sans rechercher les sources possibles dans les bassins d’égouts qu’ils surveillent, la source du virus ne peut être prouvée.
« Cependant, plusieurs éléments de preuve suggèrent des sources animales », indique le journal.
Les chercheurs affirment que leur méthode de test est très sensible. Il peut détecter même de petites quantités de matériel génétique des virus H5, mais il ne peut pas dire si les virus seraient capables d’infecter les gens et de les rendre malades. Boehm dit qu’ils n’ont pas essayé de cultiver le virus pour voir s’il pouvait infecter les cellules.
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La Food and Drug Administration des États-Unis a déclaré la semaine dernière qu’elle avait testé des échantillons de lait pasteurisé dans lesquels des traces du virus H5N1 avaient été détectées et qu’elle avait jusqu’à présent constaté que le lait n’était pas infectieux et ne pouvait pas rendre les gens malades.
Les eaux usées Les chercheurs reconnaissent qu’il est également possible que leurs tests détectent d’autres types de virus H5, y compris les virus de la grippe H5 faiblement pathogènes, mais ils affirment qu’ils ne devraient pas circuler dans ces régions pour le moment.
« C’est une situation dans laquelle nous avons vraiment senti que nous étions éthiquement tenus de partager ces informations avec des collègues via une prépublication et de lancer la conversation, car il y a des questions sans réponse auxquelles il est vraiment important de répondre », a déclaré Boehm.
